<div dir="ltr"><div>Hello, </div><div><br></div>I am trying to use adagenet (v.2.1.10) to do DAPC, but I am receiving an error message I can't figure out. I used PLINK2 to convert a vcf file to a .raw file for SNP data obtained on 78 individuals using RADseq. I then tried to use the read.PLINK function to import into genlight objects  <div><br></div><div>> read.PLINK("myfile.raw", map.file = "myfile.map")</div><div><br></div><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><div>Reading PLINK raw format into a genlight object... </div><div>Reading loci information... </div><div>Reading and converting genotypes... </div><div>.Error in read.PLINK("myfile.raw", map.file = "myfile.map") : </div><div>  some individuals do not have -5 SNPs.</div></blockquote><div><div><br></div><div>I have tried again with multiple different vcf output files that I had created with different parameters and filtering steps just to make sure that it wasn't that one file, but I get the same error each time. The data set has >8000 SNPs within 730 loci.</div><div><br></div><div>Any ideas or recommendations are appreciated! </div><div><br></div><div>-Ashley </div><div><br></div><div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div style="color:rgb(34,34,34)"><br></div><div style="color:rgb(34,34,34)"><br></div></div></div></div></div></div></div>