<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style=""><font face="trebuchet ms, sans-serif">For genind objects, this is done automatically (under the hood, scaleGen scales allele frequencies). If you use 'tab()' to extract allelic profiles, just use tab(freq = TRUE) to get frequencies.</font></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">Best</div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">Thibaut</div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><font size="1"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="1">--<br>Dr Thibaut Jombart<br>Software Design and Implementation Lead, Data.Org<br>Senior Lecturer in Outbreak Analytics, Imperial College London</font></div><div><span style="font-size:x-small;font-family:arial,helvetica,sans-serif">President of RECON: </span><a href="http://repidemicsconsortium.org" style="font-size:x-small;font-family:arial,helvetica,sans-serif" target="_blank">repidemicsconsortium.org</a><br></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="1"><a href="https://thibautjombart.netlify.com" style="letter-spacing:0.2px" target="_blank">https://thibautjombart.netlify.com</a><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><font size="1">Twitter: @TeebzR</font><br></font><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, 3 Aug 2022 at 17:16, André Boler Barros <<a href="mailto:andrebolerbarros@gmail.com">andrebolerbarros@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Thanks Thibaut! <div><br></div><div>Another question: Is it required to adapt the pipeline present in the tutorial for DAPC to having the data in frequencies?</div><div><br clear="all"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><b>André Boler Barros</b><br></div></div></div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Em qua., 3 de ago. de 2022 às 16:07, Thibaut Jombart <<a href="mailto:thibautjombart@gmail.com" target="_blank">thibautjombart@gmail.com</a>> escreveu:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:"trebuchet ms",sans-serif">Dear André</div><div class="gmail_default" style="font-family:"trebuchet ms",sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:"trebuchet ms",sans-serif">it should not make any difference as long as all loci have the same ploidy. If not, then I would recommend using frequencies to avoid over-weighting loci with higher ploidy.</div><div class="gmail_default" style="font-family:"trebuchet ms",sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:"trebuchet ms",sans-serif">Best</div><div class="gmail_default" style="font-family:"trebuchet ms",sans-serif">Thibaut</div><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><font size="1"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="1">--<br>Dr Thibaut Jombart<br>Software Design and Implementation Lead, Data.Org<br>Senior Lecturer in Outbreak Analytics, Imperial College London</font></div><div><span style="font-size:x-small;font-family:arial,helvetica,sans-serif">President of RECON: </span><a href="http://repidemicsconsortium.org" style="font-size:x-small;font-family:arial,helvetica,sans-serif" target="_blank">repidemicsconsortium.org</a><br></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="1"><a href="https://thibautjombart.netlify.com" style="letter-spacing:0.2px" target="_blank">https://thibautjombart.netlify.com</a><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><font size="1">Twitter: @TeebzR</font><br></font><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, 3 Aug 2022 at 10:25, André Boler Barros <<a href="mailto:andrebolerbarros@gmail.com" target="_blank">andrebolerbarros@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi everyone,<div><br></div><div>I would like to know if I should transform my allele counts in frequencies prior to using DAPC or if I should use the allele counts. </div><div><br></div><div>Thanks,</div><div><br clear="all"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><b>André Boler Barros</b><br></div></div></div></div></div>
_______________________________________________<br>
adegenet-forum mailing list<br>
<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum</a></blockquote></div>
</blockquote></div>
</blockquote></div>