<div dir="ltr">Hi there, <div><br></div><div>Bumping this question again to see if anyone has any advice on choosing a connection network method, or particularly, choosing a biologically appropriate value for d2 in type 5.</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div><br></div><div>Alex</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Apr 12, 2022 at 3:00 PM Alex Krohn <<a href="mailto:alex@tbconservation.org">alex@tbconservation.org</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi there,<div><br></div><div>I'm analyzing a RADseq dataset of snakes across the Eastern and Southeastern US. Of course, at that scale, IBD plays a role in the data. Thus, I would like to use sPCA to plot patterns of spatial genetic variation. I've tried looking at other papers and through the tutorial about advice on the connection networks, but haven't found anything. The networks have a large influence in the results, so I suppose the values are quite important.</div><div><br></div><div>Some individuals have the same lat/long, so I'm stuck with types 5-7 in sPCA. Type 5 (geographic distance) makes the most sense to me, but I wonder what a good value for d2 would be. Would this be the maximum distance that an individual might likely travel in its lifetime? A homerange? A guess at the spatial extent of a population (e.g. the distance that genes regularly flow more often than not)? </div><div><br></div><div>I appreciate your advice on this.</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div><br></div><div>Alex<br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><b>Alex Krohn, Ph.D.</b><div>Director of Conservation Genomics</div><div>Tangled Bank Conservation</div><div><br></div></div></div></div></div>
</blockquote></div>