<div dir="ltr"><div>The colours are of the a-priori groups because the information about the posterior assignments are spatially contained on the axes themselves.<br><br>The colours help you understand how well the data matches these a-priori groups, as kind of a visual representation of AMOVA. <br></div><div><br></div><div>I hope that helps,</div><div>Zhian</div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, May 13, 2022 at 3:08 AM <<a href="mailto:adegenet-forum-request@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum-request@lists.r-forge.r-project.org</a>> wrote:</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
Date: Thu, 12 May 2022 19:44:32 +0000<br>
From: Nikki Vollmer <<a href="mailto:nlv209@hotmail.com" target="_blank">nlv209@hotmail.com</a>><br>
To: "<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org</a>"<br>
        <<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org</a>><br>
Subject: [adegenet-forum] Understanding DAPC scatter plot<br>
Message-ID:<br>
        <<a href="mailto:MN2PR07MB7149733529F42699EA8ABEAA80CB9@MN2PR07MB7149.namprd07.prod.outlook.com" target="_blank">MN2PR07MB7149733529F42699EA8ABEAA80CB9@MN2PR07MB7149.namprd07.prod.outlook.com</a>><br>
<br>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br>
<br>
Hi!<br>
I am looking for a better understanding of the DAPC scatter plot. Is it correct that with the code below, after running the DAPC, the scatter plot is plotting/color-coding based on the prior groups? If so, why not the posterior groups? I thought that the result of running a DAPC is the posterior group information and I just figured that is what the scatter plot would be showing me, but perhaps I am not understanding something correctly?  I know that you can look at the posterior information with compoplot, I am now just wanting to know how to correctly interpret scatter plots when I see them.<br>
<br>
the basic code I am referring to is:<br>
data_scaled <- tab(data,NA.method="mean")<br>
grp<-find.clusters(data_scaled, max.n.clust=40)<br>
dapc1<-dapc(data_scaled, grp$grp)<br>
scatter(dapc1)<br>
<br>
I appreciate any help with clarifying this!<br>
Nikki<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://lists.r-forge.r-project.org/pipermail/adegenet-forum/attachments/20220512/8f42ba93/attachment-0001.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.r-forge.r-project.org/pipermail/adegenet-forum/attachments/20220512/8f42ba93/attachment-0001.html</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Subject: Digest Footer<br>
<br>
_______________________________________________<br>
adegenet-forum mailing list<br>
<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum</a><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
End of adegenet-forum Digest, Vol 150, Issue 1<br>
**********************************************<br>
</blockquote></div></div>