
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>

</head>

<body dir="ltr">

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);" class="elementToProof">

Hi!</div>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);" class="elementToProof">

I am looking for a better understanding of the DAPC scatter plot. Is it correct that with the code below, after running the DAPC, the scatter plot is plotting/color-coding based on the prior groups? If so, why not the posterior

<span style="background-color:rgb(255, 255, 255);display:inline !important">groups? I thought that the result of running a DAPC is the posterior group information and I just figured that is what the scatter plot would be showing me, but perhaps I am not understanding

 something correctly? </span> I know that you can look at the posterior information with compoplot, I am now just wanting to know how to correctly interpret scatter plots when I see them. </div>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);" class="elementToProof">

<br>

</div>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);" class="elementToProof">

the basic code I am referring to is:</div>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);" class="elementToProof">

data_scaled <- tab(data,NA.method="mean")

<div>grp<-find.clusters(data_scaled, max.n.clust=40)<br>

</div>

<div>dapc1<-dapc(data_scaled, grp$grp)<br>

</div>

<div><span style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">scatter(dapc1)</span><br>

</div>

<div><span style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;"><br>

</span></div>

<div>I appreciate any help with clarifying this!</div>

<div>Nikki</div>

</div>

</body>

</html>