<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">Dear John-Lee</div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">I think the poppr package has what you need - see "mlg" and related functions at (working on genind objects):<br><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/poppr/vignettes/poppr_manual.html#mlg">https://cran.r-project.org/web/packages/poppr/vignettes/poppr_manual.html#mlg</a><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">Best</div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">Thibaut</div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><br></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">--<br>Dr Thibaut Jombart<br>Associate Professor in Outbreak Analytics, London School of Hygiene and Tropical Medicine<br>Senior Lecturer in Genetic Analysis, Imperial College London</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">UK Public Health Rapid Support Team</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">President of RECON: <a href="http://repidemicsconsortium.org" target="_blank">repidemicsconsortium.org</a></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><a href="https://thibautjombart.netlify.com" style="letter-spacing:0.2px" target="_blank">https://thibautjombart.netlify.com</a><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Twitter: @TeebzR</font><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, 27 Jan 2021 at 10:53, Walker, John-Lee Sky - (johnleewalker) <<a href="mailto:johnleewalker@arizona.edu">johnleewalker@arizona.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Hello,</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
I am using microsatellite data to distinguish individual bats. I have created a genind object with my data. One thing I would like to be able to do is determine when I have matching genotypes, in my case it would be if I have "recaptured" and individual. I
 am unsure if the package includes a function that makes this possible, or not. I have read the PDF pretty thoroughly and explored the forum archives. I would appreciate any feedback greatly.</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Kind Regards,</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
John-Lee</div>
<div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div id="gmail-m_7860873146428627408Signature">
<div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<span style="font-size:8pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">John-Lee Sky Walker</span></div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<span style="font-size:8pt">Graduate Research Assistant</span></div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<span style="font-size:8pt">School of Natural Resources and </span><span style="font-size:8pt">the Environment </span></div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<span style="font-size:8pt">The University of Arizona</span></div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<span style="font-size:8pt">Tucson, AZ 85721</span></div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<span style="font-size:8pt">Phone: 805-570-7864</span></div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<p style="color:rgb(32,31,30);text-align:start;background-color:rgb(255,255,255);font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;margin:0px">
<img width="125" height="125" style="font-style: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; font-size: 12pt; font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; color: rgb(0, 0, 0); width: 125px; height: 125px;" src="cid:1774481ce4617d71691"><br>
</p>
<p style="color:rgb(32,31,30);text-align:start;background-color:rgb(255,255,255);font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;margin:0px">
<br>
</p>
<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>

_______________________________________________<br>
adegenet-forum mailing list<br>
<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum</a></blockquote></div>