<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">Re the grid: it was a choice in the plotting design of ade4 to display the mesh of the grid at the top right corner of the graph, rather than annotations + tick marks. You can always make custom graphs e.g. using ggplot2.</div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><br></div><div><div class="gmail_default" style="font-family:"trebuchet ms",sans-serif">Best of luck in your analyses</div><div class="gmail_default" style="font-family:"trebuchet ms",sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:"trebuchet ms",sans-serif">Thibaut</div><br></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">--<br>Dr Thibaut Jombart<br>Associate Professor in Outbreak Analytics, London School of Hygiene and Tropical Medicine<br>Senior Lecturer in Genetic Analysis, Imperial College London</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">UK Public Health Rapid Support Team</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">President of RECON: <a href="http://repidemicsconsortium.org" target="_blank">repidemicsconsortium.org</a></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><a href="https://thibautjombart.netlify.com" style="letter-spacing:0.2px" target="_blank">https://thibautjombart.netlify.com</a><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Twitter: @TeebzR</font><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, 30 Sep 2020 at 11:43, Said D. <<a href="mailto:said_wali@hotmail.com">said_wali@hotmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
Dear Thibaut, dear Cathy,</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
thank you for the quick reply. </div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
Now it is clear to me. <br>
With respect to "<span style="color:rgb(0,0,0);font-family:"trebuchet ms",sans-serif;font-size:15px;background-color:rgb(255,255,255);display:inline">grid = TRUE", it is only showing the grid but not the labels of the axis ticks.</span></div>
<div style="color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)"><font face="trebuchet ms, sans-serif"><span style="font-size:15px">Till now I was not able to find it.</span></font></div>
<div style="color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)"><font face="trebuchet ms, sans-serif"><span style="font-size:15px">Thank you.<br>
Said</span></font></div>
<div style="color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)"><font face="trebuchet ms, sans-serif"><span style="font-size:15px"><b><br>
</b></span></font></div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
<span style="color:rgb(0,0,0);font-family:"trebuchet ms",sans-serif;font-size:15px;background-color:rgb(255,255,255);display:inline"><b><br>
</b></span></div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
<span style="color:rgb(0,0,0);font-family:"trebuchet ms",sans-serif;font-size:15px;background-color:rgb(255,255,255);display:inline"><b><br>
</b></span></div>
<div id="gmail-m_-92898717309796235appendonsend"></div>
<hr style="display:inline-block;width:98%">
<div id="gmail-m_-92898717309796235divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt" color="#000000"><b>Von:</b> Thibaut Jombart <<a href="mailto:thibautjombart@gmail.com" target="_blank">thibautjombart@gmail.com</a>><br>
<b>Gesendet:</b> Mittwoch, 30. September 2020 11:21<br>
<b>An:</b> Said D. <<a href="mailto:said_wali@hotmail.com" target="_blank">said_wali@hotmail.com</a>><br>
<b>Cc:</b> <a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org</a> <<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org</a>><br>
<b>Betreff:</b> Re: [adegenet-forum] DAPC axes</font>
<div> </div>
</div>
<div>
<div dir="ltr">
<div style="font-family:"trebuchet ms",sans-serif">Dear Said, </div>
<div style="font-family:"trebuchet ms",sans-serif"><br>
</div>
<div style="font-family:"trebuchet ms",sans-serif">both terminologies are correct: LDs are merely PCs of a discriminant analysis. But as DAPC has 2 sets of PCs, one of the initial PCA, then one for the follow-up discriminant analysis,
 LDs will be less ambiguous. </div>
<div style="font-family:"trebuchet ms",sans-serif"><br>
</div>
<div style="font-family:"trebuchet ms",sans-serif">As for the scale on scatterplots of DAPC: it is disabled by default as not usually used, but you can add a grid using grid = TRUE. See ?scatter.dapc for further options.</div>
<div style="font-family:"trebuchet ms",sans-serif"><br>
</div>
<div style="font-family:"trebuchet ms",sans-serif">Best</div>
<div style="font-family:"trebuchet ms",sans-serif">Thibaut</div>
<div>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div><br>
</div>
<div><font face="arial, helvetica, sans-serif">--<br>
Dr Thibaut Jombart<br>
Associate Professor in Outbreak Analytics, London School of Hygiene and Tropical Medicine<br>
Senior Lecturer in Genetic Analysis, Imperial College London</font></div>
<div><font face="arial, helvetica, sans-serif">UK Public Health Rapid Support Team</font></div>
<div><font face="arial, helvetica, sans-serif">President of RECON: <a href="https://nam11.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Frepidemicsconsortium.org%2F&data=02%7C01%7C%7Ca0a7b1e41e334029916408d8652242c0%7C84df9e7fe9f640afb435aaaaaaaaaaaa%7C1%7C0%7C637370545101710587&sdata=xyxXby9GkiXy6wBmradI%2FVXo2WR%2BOUezlxmjpn5izOs%3D&reserved=0" target="_blank">
repidemicsconsortium.org</a></font></div>
<div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><a href="https://nam11.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fthibautjombart.netlify.com%2F&data=02%7C01%7C%7Ca0a7b1e41e334029916408d8652242c0%7C84df9e7fe9f640afb435aaaaaaaaaaaa%7C1%7C0%7C637370545101720582&sdata=RAdao75S9fxedpxovHHjFhGZ0glSKI90KUDw1zcDA70%3D&reserved=0" style="letter-spacing:0.2px" target="_blank">https://thibautjombart.netlify.com</a><br>
</font></div>
<div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Twitter: @TeebzR</font><br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br>
</div>
<br>
<div>
<div dir="ltr">On Wed, 30 Sep 2020 at 09:29, Said D. <<a href="mailto:said_wali@hotmail.com" target="_blank">said_wali@hotmail.com</a>> wrote:<br>
</div>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
Hi everyone,</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
I googled a lot (Maybe I was not lucky enough) but I could not find a real explanation out the axes of the DAPC scatter plot.</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
Should I call them PC1 and PC2 or LD1 and LD2?</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
Here they call the axes LD1 and LD2</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
<a href="https://nam11.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fgrunwaldlab.github.io%2FPopulation_Genetics_in_R%2Fclustering_plot.html&data=02%7C01%7C%7Ca0a7b1e41e334029916408d8652242c0%7C84df9e7fe9f640afb435aaaaaaaaaaaa%7C1%7C0%7C637370545101720582&sdata=ott8hyt8zedQ1OGkSD80DV3tbjjxg55q%2BVyLXs0G%2BMA%3D&reserved=0" id="gmail-m_-92898717309796235x_gmail-m_-3703493816954147254LPlnk708253" target="_blank">https://grunwaldlab.github.io/Population_Genetics_in_R/clustering_plot.html</a><br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
It is also a pity that the original DAPC scatter plot is not showing the scale.</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
Thank you.<br>
Said</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
<br>
</div>
</div>
_______________________________________________<br>
adegenet-forum mailing list<br>
<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
<a href="https://nam11.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Flists.r-forge.r-project.org%2Fcgi-bin%2Fmailman%2Flistinfo%2Fadegenet-forum&data=02%7C01%7C%7Ca0a7b1e41e334029916408d8652242c0%7C84df9e7fe9f640afb435aaaaaaaaaaaa%7C1%7C0%7C637370545101730576&sdata=f3uCuMYRPRi9XtlSqNO%2BvrZ7imIPKE2BSlwrGN%2BZKRU%3D&reserved=0" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum</a></blockquote>
</div>
</div>
</div>

</blockquote></div>