<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>Apologies if I missed this in the forum somewhere but I'm wondering if an additional option for dropping non-polymorphic loci in `seppop` would be useful when creating new geninds? Currently the `drop=TRUE` flag drops non-polymorphic alleles but the monomorphic loci remain in the genind. Downstream analyses, such as estimating heterozygosity, can be skewed by these monomorphic loci. </div><div><br></div><div>Using `isPoly` works well for getting a list of loci that remain polymorphic in the new genind, which can then be used to create a new genind (i.e. `nancycats[loc = new_polymorphic_loci_list]` ). Is this what most people do? </div><div><br></div><div>Cheers,</div><div>Gary<br><div><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Gary Charles Longo</div><div dir="ltr">NRC Research Associate</div><div dir="ltr">NOAA, National Marine Fisheries Service</div><div dir="ltr">2725 Montlake Blvd E</div><div dir="ltr">Seattle, WA  98112</div><div dir="ltr"><a href="http://garycharleslongo.wordpress.com" target="_blank">garycharleslongo.wordpress.com</a></div>(831) 247-3056</div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>