<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>Thanks for having this up as a resource. I'm not seeing the full answer to my question in the archives, so I figured I'd go ahead.</div><div><br></div><div>I am testing a dataset of "unlinked" SNPs (generated by RADseq) for isolation-by-distance effects and see that in tutorials available which include mantel.randtest it's recommended that the genetic data are scaled with scaleGen() prior to the Mantel test. However, I'm not seeing a published example of why this would be recommended for this analysis. A previous question asked had an answer that seemed to suggest rare alleles might affect sPCA, but I'm unclear why this was suggested for a Mantel test. I also noted a previous question where someone recommended not to scale genetic data in general, but whether or not that applies to my data is unclear to me.</div><div><br></div><div>Scaling my genetic data prior to running the Mantel test results in no significant relationship (except in a dataset with a relatively large amount of missing data) while leaving the data unscaled results in significant (p < 0.05) relationships regardless of filtering. </div><div><br></div><div>In both cases, kernel density estimation plots of the pairwise distances shows some somewhat messy clustering, and spatial PCA via multispati (adespatial, wherein I leave the data unscaled) reveals some clear clustering and some of what is likely IBD.</div><div><br></div><div>Any insight as to why a genetic dataset might be scaled/left unscaled for a Mantel test would be helpful.</div><div><br></div><div>Best, and thank you in advance,</div><div>Sam Fellows</div><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><span style="font-size:small">Sam Fellows</span><div>PhD Student/Teaching Assistant</div><div>Quantitative Systems Biology- Evolutionary Biology</div><div>University of California- Merced</div><div><a href="http://danedwardslab.com/" target="_blank">Edwards Lab</a></div></div></div></div></div></div></div></div>