<div dir="ltr"><div>Dear Zhian, <br></div><div><br></div><div>I calculate tne number of alleles per population with poppr. I get unexpected results and some weird behavior of the private_alleles function, so I would like to confirm I am understanding well what the function is doing and I am interpreting the results correctly. Thanks in advance for your help!</div><div><br></div><div>I have a genind object with 27 individuals and 12.498 loci (bi allelic data, 0/1).  I have 2 populations called M and P. <br></div><div>I calculate the nb of private alleles per population with </div><div>> pa.all<-private_alleles(<a href="http://derbo.gd" target="_blank">derbo.gd</a>,form=alleles~.,level="population",report="data.frame")</div><div><br></div><div> In the output I have 13072 rows, 6536 unique "alleles names" x 2 (M and P). Why don't I have all loci in my dataset ( I should have 24996 rows)??. Many of these alleles are not private in none of the two pops.. so it is not only the loci with private alleles. </div><div><br></div><div>For example, for  "1219:12:-" , population M has 4 private alleles.  Am I correct that this means there are 4 individuals of population M that hold a private allele at this locus? <br></div><div>      population        allele count</div><div>13             M    588:43:+.1     0<br>14             P    588:43:+.1     0<br>15             M   1086:34:-.1     0<br>16             P   1086:34:-.1     0<br>17             M   1219:12:-.1     4</div><div><br></div><div>Then, I count the number of population -private alleles across loci with<br></div><div><b>n.pAlleles</b><-pa.all%>%group_by(population)%>%summarise(sum(count))%>%as.data.frame  #count total nb of private alleles, loci pooled<br></div><div>> n.pAlleles<br>  population sum(count)<br>1          M       1648<br>2          P       1684</div><div><br></div><div>And I count the number of loci with population -private alleles with</div><div>pa.all1<-filter(pa.all, count !=0)    #remove loci with  of 0 p.a. <br><b>n.pLocus</b><-pa.all1 %>% count(population) %>%as.data.frame  #count per pop the nb of loci with at least 1 private allele<br></div><div>> n.pLocus<br>  population   n<br>1          M 864<br>2          P 742</div><div><br></div><div>I get very different results for the two measures, which I didn't expect. Am I interpreting well the results?<br></div><div><br></div><div>Also, I realised I get exactly the same results using "form =loci~." in the private_alleles function, but the first is much much faster. This is weird. I think in the two cases it gives me the number of alleles per population....  So I don't get what is " loci~ " for.<br></div><div><div><br></div><div>Thanks in advance for your advice, <br></div><div><br></div><div>All the best, <br></div><div><br></div><div><br></div></div><div>> <a href="http://derbo.gd" target="_blank">derbo.gd</a><br>/// GENIND OBJECT /////////<br> // 27 individuals; 12,498 loci; 24,996 alleles; size: 8.4 Mb<br> // Basic content<br>   @tab:  27 x 24996 matrix of allele counts<br>   @loc.n.all: number of alleles per locus (range: 2-2)<br>   @loc.fac: locus factor for the 24996 columns of @tab<br>   @all.names: list of allele names for each locus<br>   @ploidy: ploidy of each individual  (range: 2-2)<br>   @type:  codom<br>   @call: .local(x = x, i = i, j = j, drop = drop)<br><br> // Optional content<br>   @pop: population of each individual (group size range: 13-14)<br>> </div><div>> derbo.gd@loc.fac<br>   [1] 47:42:-    47:42:-    69:32:+    69:32:+    170:70:+   170:70:+   255:71:+   255:71:+   318:29:+  <br>  [10] 318:29:+   413:44:-   413:44:-   447:82:+   447:82:+   471:26:+   471:26:+   541:74:-   541:74:-  <br>  [19] 588:43:+   588:43:+   702:20:+   702:20:+   745:45:-   745:45:-   749:18:+   749:18:+   770:10:+  <br>  [28] 770:10:+   854:6:+    854:6:+    1086:34:-  1086:34:-  1142:62:+  1142:62:+  1183:42:+  1183:42:+ <br></div><div><br></div><div>> pa.all<-private_alleles(<a href="http://derbo.gd" target="_blank">derbo.gd</a>,form=alleles~.,level="population",report="data.frame")<br>> pa.all (alllele ~pop)<br>      population        allele count<br>1              M     69:32:+.1     0<br>2              P     69:32:+.1     0<br>3              M    170:70:+.1     0<br>4              P    170:70:+.1     0<br>5              M    255:71:+.1     0<br>6              P    255:71:+.1     0<br>7              M    318:29:+.1     0<br>8              P    318:29:+.1     0<br>9              M    447:82:+.1     0<br>10             P    447:82:+.1     0<br>11             M    541:74:-.1     0<br>12             P    541:74:-.1     0<br>13             M    588:43:+.1     0<br>14             P    588:43:+.1     0<br>15             M   1086:34:-.1     0<br>16             P   1086:34:-.1     0<br>17             M   1219:12:-.1     4</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>> pa.all (loci~pop)<br>      population       locus count<br>1              M     69:32:+     0<br>2              P     69:32:+     0<br>3              M    170:70:+     0<br>4              P    170:70:+     0<br>5              M    255:71:+     0<br>6              P    255:71:+     0<br>7              M    318:29:+     0<br>8              P    318:29:+     0<br>9              M    447:82:+     0<br>10             P    447:82:+     0<br>11             M    541:74:-     0<br>12             P    541:74:-     0<br>13             M    588:43:+     0<br>14             P    588:43:+     0<br>15             M   1086:34:-     0<br>16             P   1086:34:-     0<br>17             M   1219:12:-     4<br><br></div><br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>----------------------------------------------------------</div>Amaranta Fontcuberta, assistante diplômée<div>Dept. Écologie et Évolution</div><div>Université de Lausanne</div></div></div></div></div>