<html>
  <head>

    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=UTF-8">
  </head>
  <body>
    <p>Hi,</p>
    <p>I've been using sPCA over the past couple of years, and run into
      an error that appears to be due to different numbers of
      eigenvalues generated by the spca function. When I run it
      repeatedly, many times I get the following error when I try to
      generate the screeplot: <br>
    </p>
    <p><span style="color: rgb(197, 6, 11); font-family: Monaco,
        monospace; font-size: 13.3333px; font-style: normal;
        font-variant-ligatures: normal; font-variant-caps: normal;
        font-weight: 400; letter-spacing: normal; orphans: 2;
        text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none;
        white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;
        -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(229, 229,
        229); text-decoration-style: initial; text-decoration-color:
        initial; display: inline !important; float: none;">Error in
        data.frame(eig = eig, var = varspa, moran = moran/varspa) :
        arguments imply differing number of rows: 40, 34</span></p>
    <p>each time I run it, the number of eigenvalues changes (e.g., 40
      in this case). spca functions such as screeplot and plot will not
      function if the number of eigen values doesn't match the number of
      samples minus one (n-1). <br>
    </p>
    <p>I am using jitter to randomly shift the lat/lon coordinates each
      time, as some of the samples have the same coordinates. <br>
    </p>
    <p>The command lines are:</p>
    <p>obj.s<-obj<br>
      obj.s$other$xy<-jitter(obj$other$xy, factor = 0.5) <br>
      mySpca <- spca(obj.s, ask=T, type=1, scannf=F, nfposi = 4,
      nfnega = 0, scale=T) # method used by LL<br>
    </p>
    <p>where obj is a genind object with the lat/lon positions in
      obj$other$xy.</p>
    <p>Can anyone tell me why the number of eigenvalues changes, and how
      to fix this problem? For some datasets, the function fails
      (generates too many eigenvalues) most of the time. If I continue
      to re-run it, and change the jitter factor, I can usually get it
      to run properly eventually (after many replicates). <br>
    </p>
    <p>Phil<br>
    </p>
    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
--
Phillip A. Morin, Ph.D.
Southwest Fisheries Science Center
8901 La Jolla Shores Dr.
La Jolla, CA 92037, USA
Phone: 858-546-7165
Fax: 858-546-7003
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phillip.morin@noaa.gov">phillip.morin@noaa.gov</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://swfsc.noaa.gov/mmtd-mmgenetics">http://swfsc.noaa.gov/mmtd-mmgenetics</a></pre>
  </body>
</html>