<div dir="ltr"><div><div>Hi Serena,</div><div><br></div><div>The $other$xy syntax assumes that there is a data frame in the "other" slot of your genpop object called "xy" that contains coordinates. If you have the coordinates in a separate file, you don't have to put it in the genpop object, but it helps with subsetting.</div><br></div><div>That being said, it looks like you are getting an error where the genetic distance you are calculating isn't returning a distance object. If Dgeno is a matrix, try converting it to a distance object with as.dist().</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Zhian</div><div><br></div><div><div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
Hello,<br>
<br>
I'am new to the mailing list. I hope I can find help here. I am trying to<br>
perform Isolation by Distance through mantel.randtest()  from adegenet<br>
package.I am working with this genepop dataset: /// GENPOP OBJECT /////////<br>
<br>
 // 1 population; 23 loci; 221 alleles; size: 41 Kb<br>
<br>
 // Basic content<br>
   @tab:  1 x 221 matrix of allele counts<br>
   @loc.n.all: number of alleles per locus (range: 4-16)<br>
   @loc.fac: locus factor for the 221 columns of @tab<br>
   @all.names: list of allele names for each locus<br>
   @ploidy: ploidy of each individual  (range: 2-2)<br>
   @type:  codom<br>
   @call: .local(x = x, i = i, j = j, drop = drop)<br>
<br>
 // Optional content<br>
   - empty -<br>
<br>
The problem is that I can't figure out how to incorporate my lat/long<br>
coordinates ($other$xy) in my dataset as shown in several tutorials. My<br>
coordinates are in a separate file and when I run the test using distances<br>
calculated from such dataset (e.g . dist(xy)) i get the following error: ><br>
#MANTEL TEST<br>
> ibd<-mantel.randtest(Dgen,Dgeo)<br>
Error in if (n != attr(m2, "Size")) stop("Non convenient dimension") :<br>
argument is of length zero.<br>
<br>
I am wandering whether it is possible to run this test having coordinates<br>
in a different files. I really hope you can hel me. Thanks in advice.<br>
<br>
Best,<br>
Serena<br><br>
</blockquote></div></div></div></div>