<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>Hi Rachel,</div><div><br></div><div>Demographic patterns are generally thought to occur throughout the genome. In which case you shouldn't need the entire genome but can use a representative subset of your variants. We've demonstrated how to accomplish this at the below link.</div><div><br></div><div><a href="https://grunwaldlab.github.io/Population_Genetics_in_R/gbs_analysis.html#subsetting-a-vcfr-object-to-200-random-variants">https://grunwaldlab.github.io/Population_Genetics_in_R/gbs_analysis.html#subsetting-a-vcfr-object-to-200-random-variants</a><br></div><div><br></div><div>Good luck!</div><div>Brian<br></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Mar 5, 2019 at 11:24 AM Rachel Turba <<a href="mailto:rturba@outlook.com">rturba@outlook.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">





<div lang="EN-US">
<div class="gmail-m_-4436784124459730377WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hi all,</p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">I have researched this on the forum but was not successful in finding help, so I apologize in advance if this has been addressed already.</p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">In this tutorial (<a href="https://grunwaldlab.github.io/Population_Genetics_in_R/DAPC.html" target="_blank">https://grunwaldlab.github.io/Population_Genetics_in_R/DAPC.html</a>) it says that adegenet cannot be scripted a priori, but my data has 6Gb and
 takes a very long time to generate the DAPC object. So I have to submit it as a script to the university cluster. I get the plot of variance explained by PC but then everything halts because I do not provide the number of PCs to be retained for continuing
 the analysis. Is there a way around this? How does anyone handle large datasets?</p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Thank you in advance,</p>
<p class="MsoNormal">Rachel</p>
</div>
</div>

_______________________________________________<br>
adegenet-forum mailing list<br>
<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum</a></blockquote></div>