<div dir="ltr">Hi Ella, <div><br></div><div>1) Yes, only for DAPC, to prevent over-discrimination of the groups when there are many variables</div><div><br></div><div>2) n.pca.max: there's no real rule, this is to avoid useless computational times; the idea is to avoid i) retaining too few PCA axes, in which case your DAPC will be sub-optimal in terms of discrimination, and ii) retaining too many PCA axes, in which case discrimination will be artefactually good on your data (but bad for cross validation, hence the use of it)</div><div><br></div><div>Hope this helps</div><div>Best</div><div>Thibaut<br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><br><font face="arial, helvetica, sans-serif">--<br>Dr Thibaut Jombart<br>Associate Professor in Outbreak Analytics, London School of Hygiene and Tropical Medicine<br>Senior Lecturer in Genetic Analysis, Imperial College London</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">President of RECON: <a href="http://repidemicsconsortium.org" target="_blank">repidemicsconsortium.org</a></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><a href="https://thibautjombart.netlify.com" style="letter-spacing:0.2px" target="_blank">https://thibautjombart.netlify.com</a><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Twitter: @TeebzR</font><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, 25 Jan 2019 at 16:09, Ella Bowles <<a href="mailto:bowlese@gmail.com">bowlese@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-size:large;color:rgb(0,0,255)">Hello,</div><div class="gmail_default" style="font-size:large;color:rgb(0,0,255)"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:large;color:rgb(0,0,255)">I am writing to follow up on a couple of questions that were not answered on the forum. It should just be a quick yes/no answer.</div><div class="gmail_default" style="font-size:large;color:rgb(0,0,255)"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:large;color:rgb(0,0,255)">1). I'm wondering if xval only needs to be used for the dapc part and not find.cluster?</div><div class="gmail_default" style="font-size:large;color:rgb(0,0,255)">2) Can I verify that for xval anaysis, n.pca.max should be set to n/3? </div><div class="gmail_default" style="font-size:large;color:rgb(0,0,255)"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:large;color:rgb(0,0,255)">I have 186 individuals spread over 11 sites for which I am trying to sort out the population structure.</div><div class="gmail_default" style="font-size:large;color:rgb(0,0,255)"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:large;color:rgb(0,0,255)">In case this thread can be correlated with my last on the forum, the previous question had the title "</div><h1 style="color:rgb(0,0,0);font-family:"Times New Roman"">are xval results only relevant for the dapc part of dapc analysis and not find.cluster"</h1><div><div class="gmail_default" style="font-size:large;color:rgb(0,0,255)">With thanks,</div><div class="gmail_default" style="font-size:large;color:rgb(0,0,255)">Ella</div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail-m_-5874476093829121798gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Ella Bowles, PhD<br>Mitacs Elevate Postdoctoral Fellow,<br>Department of Biology, Concordia University</div><div>Niskamoon Corporation<br></div><div><br>Website: <a href="https://ellabowlesphd.wordpress.com/" target="_blank">https://ellabowlesphd.wordpress.com/</a><br>Email: <a href="mailto:bowlese@gmail.com" target="_blank">bowlese@gmail.com</a></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
_______________________________________________<br>
adegenet-forum mailing list<br>
<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum</a></blockquote></div>