<div dir="ltr">Hi there, <div><br></div><div>this is a technicality: given the internal data structure of genlight objects, a native implementation of snapclust for these objects would be a lot of (hard) work. genlights are only really useful when genind cannot be used (not enough RAM). </div><div><br></div><div>In terms of doc, I hear what you say, but as you pointed out the documentation already says genind objects are expected as inputs. Where else would you recommend we specify this?</div><div><br></div><div>Cheers</div><div>Thibaut<br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><br><font face="arial, helvetica, sans-serif">--<br>Dr Thibaut Jombart<br>Associate Professor in Outbreak Analytics, London School of Hygiene and Tropical Medicine<br>Senior Lecturer in Genetic Analysis, Imperial College London</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">President of RECON: <a href="http://repidemicsconsortium.org" target="_blank">repidemicsconsortium.org</a></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><a href="https://thibautjombart.netlify.com" style="letter-spacing:0.2px" target="_blank">https://thibautjombart.netlify.com</a><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Twitter: @TeebzR</font><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Mon, 22 Oct 2018 at 14:33, Pfau, Dr. Russell S. <<a href="mailto:PFAU@tarleton.edu">PFAU@tarleton.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">





<div lang="EN-US" link="#0563C1" vlink="#954F72">
<div class="m_5289701787181593584WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hi all,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">For snapclust, it appears that it only reads genind objects and not genlight objects. This wasn’t mentioned in the tutorial, but I see this specified in the adegenet manual:<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Usage snapclust(x, k, pop.ini = "ward", max.iter = 100, n.start = 10, n.start.kmeans = 50, hybrids = FALSE, dim.ini = 100, hybrid.coef = NULL, parent.lab = c("A", "B"), ...)
<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Arguments <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="background:yellow">x a genind object</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/adegenet/adegenet.pdf" target="_blank">https://cran.r-project.org/web/packages/adegenet/adegenet.pdf</a><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Given that genlight and snapclust (I think) were both developed primarily for large snp datasets, that doesn’t make sense to me. I assumed snapclust would use genlight objects, and it took me a while to realize otherwise. It might help
 others to clarify.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Thanks,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Russell<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal" style="line-height:9.0pt"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Lucida Console""><+><+><+><+><+><+><+><+><+><+><+><+><+><+><+><+><+><+><+><+><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="background:white"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal" style="background:white">Russell S. Pfau, PhD<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal" style="background:white">Professor, Department of Biological Sciences<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal" style="background:white"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal" style="background:white">Biological Sciences Box T-0100<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal" style="background:white">Tarleton State University<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal" style="background:white">Stephenville TX 76402<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal" style="background:white"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal" style="background:white">254-968-9761<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="color:#1f497d"> </span><span style="color:#212121"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="color:#1f497d"><a href="http://faculty.tarleton.edu/pfau/" target="_blank"><span style="color:blue">http://faculty.tarleton.edu/pfau/</span></a></span><span style="color:#212121"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
</div>

_______________________________________________<br>
adegenet-forum mailing list<br>
<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum</a></blockquote></div>