<div dir="ltr">Hello, <div><br></div><div>You may be better off looking into similar functions in the hierfstats package, which is fully dedicated to Fst estimators. However, I fear if there is little variance in your data, you may struggle to quantify population structure.</div><div><br></div><div>Best</div><div>Thibaut <br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><br><font face="arial, helvetica, sans-serif">--<br>Dr Thibaut Jombart<br>Associate Professor in Outbreak Analytics, London School of Hygiene and Tropical Medicine<br>Senior Lecturer in Genetic Analysis, Imperial College London</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">President of RECON: <a href="http://repidemicsconsortium.org" target="_blank">repidemicsconsortium.org</a></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><a href="https://thibautjombart.netlify.com" style="letter-spacing:0.2px" target="_blank">https://thibautjombart.netlify.com</a><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Twitter: @TeebzR</font><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Mon, 15 Oct 2018 at 08:24, Boby Mathew <<a href="mailto:bobyboby@gmail.com">bobyboby@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear All,<br clear="all"><div>I was trying to estimate the FSt between the populations using SNP data. 
I would like to use the function pairwise.fst(). However my data set is 
a rice population and there is very very few heterozygous and can I use  
pairwise.fst()<br></div><br><div>Kind regards,</div><div>Boby Mathew</div></div>
_______________________________________________<br>
adegenet-forum mailing list<br>
<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum</a></blockquote></div>