
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>

</head>

<body dir="ltr">

<div id="divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, Helvetica, EmojiFont, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", NotoColorEmoji, "Segoe UI Symbol", "Android Emoji", EmojiSymbols;">

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">

My inquiry concerns seqTrack(), which employs haploGen() to simulate a haplotype genealogy through time. </div>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">

<br>

</div>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">

haploGen() generates DNA sequences under a Kimura-2-Parameter substitution model with equal base frequencies and differing transition/transversion rates.</div>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">

<br>

</div>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">

<b>My question is</b>: how can we be certain that the sequences really do conform to a K2P model? Since these are simulated data, it would be difficult to choose the most parsimonious model based on the BIC (using MEGA software for instance), as one is required

 to select the appropriate codon table (e.g., standard vs. mitochondrial), to ensure proper placement of STOP codons. </div>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">

<br>

</div>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">

Trying this approach for each of standard and mitochondrial codon tables seems to give conflicting results as to the best substitution model.</div>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">

<br>

</div>

<p></p>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">

<font size="3"><span style="font-size: 12pt;">Could someone shed some light on this? I would appreciate</span></font><font size="3"><span style="font-size: 12pt;"> any insight one might be able to </span></font><font size="3"><span style="font-size: 12pt;">offer.</span></font></div>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">

<font size="3"><span style="font-size: 12pt;"><br>

</span></font></div>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">

Thanks.</div>

</div>

</body>

</html>