<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:courier new,monospace">Hello</div><div class="gmail_default" style="font-family:courier new,monospace">I am trying to study the genetic diversity of a collection of a wheat wild relative. I have a matrix of 105 individuals and ~10000 SNP. Each individual is assigned to a collection site (population). I have done several analyses to investigate the genetic diversity and how it is distributed geographically.</div><div class="gmail_default" style="font-family:courier new,monospace">1.  dudi.pca followed by s.class of dudi.pca$li using the population origin as the classing factor.</div><div class="gmail_default" style="font-family:courier new,monospace">2. dapc using the population origin as the grouping factor.</div><div class="gmail_default" style="font-family:courier new,monospace">3. dapc using the grouping results of find.clusters.</div><div class="gmail_default" style="font-family:courier new,monospace"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:courier new,monospace">I have two problems:<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:courier new,monospace"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:courier new,monospace">A.  The centers of the populations of  s.calss from analysis 1 do not agree with the centers of  dapc analysis 2 Meaning that some population centers that are one near the other in analysis 1 are  very distant one from the other in analysis 2 while the grouping of find.clusters is similar to the plotting of dudi.pca and s.class. <br></div><div class="gmail_default" style="font-family:courier new,monospace"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:courier new,monospace">B. In bouth dpac analyses all of individulas of each group have the excat same coordiates. <br></div><div class="gmail_default" style="font-family:courier new,monospace"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:courier new,monospace">Please help with interpetation of  the results. Which analysis represents better the true genetic distances between populations?</div><div class="gmail_default" style="font-family:courier new,monospace"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:courier new,monospace">Thank you  <br></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Hanan Sela Ph.D.</div>
<div>Curator of the Lieberman Cereal Seed Bank</div>
<div>The Institute for Cereal Crops Improvement<br>Tel-Aviv University</div>
<div>P.O. Box 39040</div>
<div>Tel Aviv 6139001</div>
<div>Israel </div> <div><a href="mailto:hans@tauex.tau.ac.il" target="_blank">E: hans@tauex.tau.ac.il</a> <br></div>
<div>P: <a value="+97236405773">972-3-6405773</a></div>
<div>M: <a value="+972505727458">972-50-5727458</a> <br>F: <a value="+97236407857">972-3-6407857</a></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br></div></div>