<div dir="ltr">Hello, <div><br></div><div>This format is quite different from what adegenet can currently read. I haven't played with such data much so not in the best position to comment, but it looks like this might be a plink-friendly format? In which case you could convert these to plink and read them into R using adegenet::read.PLINK ? Alternatively if you can get sequences, read them into R from a fasta file and then extract the polymorphism from there (all documented in basics tuto). </div><div><br></div><div>Cheers</div><div>Thibaut</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><br>--<br>Dr Thibaut Jombart<br>Lecturer, Department of Infectious Disease Epidemiology, Imperial College London<br>Head of RECON: <a href="http://repidemicsconsortium.org" target="_blank">repidemicsconsortium.org</a><br>WHO Consultant - outbreak analysis</div><div><a href="https://thibautjombart.netlify.com" target="_blank">https://thibautjombart.netlify.com</a><br>Twitter: @TeebzR<br>+44(0)20 7594 3658</div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On 3 May 2018 at 07:13, Dale Maschette <span dir="ltr"><<a href="mailto:Dale.Maschette@aad.gov.au" target="_blank">Dale.Maschette@aad.gov.au</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">





<div lang="EN-AU" link="#0563C1" vlink="#954F72">
<div class="m_-7771181373289200772WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hello All, <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">I have recently been sent some SNP data in CSV and am trying to work out how to get it imported with adegenet.
<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">The data is samples as columns and alleles as rows because the full dataset has more alleles than CSV can handle as columns. I have read the tutorials and documentation but can’t seem to work out if it’s possible.
<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">I have attached an example data set, if anyone could suggest how to import it I would be very grateful.
<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Cheers, <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Dale<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>

<p>______________________________<wbr>______________________________<wbr>_______________</p>
<p>    Australian Antarctic Division - Commonwealth of 
Australia<br>IMPORTANT: This transmission is intended for the addressee only. If 
you are not the<br>intended recipient, you are notified that use or 
dissemination of this communication is<br>strictly prohibited by Commonwealth 
law. If you have received this transmission in error,<br>please notify the 
sender immediately by e-mail or by telephoning +61 3 6232 3209 and<br>DELETE the 
message.<br>        Visit our web site at <a href="http://www.antarctica.gov.au/" target="_blank">http://www.antarctica.gov.au/</a><br>______________________________<wbr>______________________________<wbr>_______________</p>
</div>

<br>______________________________<wbr>_________________<br>
adegenet-forum mailing list<br>
<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum@lists.r-forge.<wbr>r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-<wbr>project.org/cgi-bin/mailman/<wbr>listinfo/adegenet-forum</a><br></blockquote></div><br></div>