<div dir="ltr">Indeed, you should be able to ignore this, unless you know all sites were polymorphic.<div><br></div><div>Best</div><div><br></div><div>Thibaut</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><br>--<br>Dr Thibaut Jombart<br>Lecturer, Department of Infectious Disease Epidemiology, Imperial College London<br>Head of RECON: <a href="http://repidemicsconsortium.org" target="_blank">repidemicsconsortium.org</a><br>WHO Consultant - outbreak analysis</div><div><a href="https://thibautjombart.netlify.com" target="_blank">https://thibautjombart.netlify.com</a><br>Twitter: @TeebzR<br>+44(0)20 7594 3658</div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On 1 May 2018 at 19:53, Ella Bowles <span dir="ltr"><<a href="mailto:bowlese@gmail.com" target="_blank">bowlese@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-size:large;color:#0000ff">Thank you Thibaut -- given this, I am guessing that I shouldn't worry about the warning? It only removed one locus from my file, anyway, when I compare the dataset loaded in to the "mat" dataset.</div><div class="gmail_default" style="font-size:large;color:#0000ff"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:large;color:#0000ff">With thanks,</div></div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, May 1, 2018 at 1:54 PM, Thibaut Jombart <span dir="ltr"><<a href="mailto:thibautjombart@gmail.com" target="_blank">thibautjombart@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Ella<div><br></div><div>the function 'tab' now replaces 'scaleGen', but it shouldn't change much. This warning suggests some loci are fixed, and genind objects only stores polymorphic sites.</div><div><br></div><div>Cheers</div><div>Thibaut</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="m_8324161039986106209m_1771348641218568777gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><br>--<br>Dr Thibaut Jombart<br>Lecturer, Department of Infectious Disease Epidemiology, Imperial College London<br>Head of RECON: <a href="http://repidemicsconsortium.org" target="_blank">repidemicsconsortium.org</a><br>WHO Consultant - outbreak analysis</div><div><a href="https://thibautjombart.netlify.com" target="_blank">https://thibautjombart.netlify<wbr>.com</a><br>Twitter: @TeebzR<br>+44(0)20 7594 3658</div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote"><div><div class="m_8324161039986106209h5">On 1 May 2018 at 18:11, Ella Bowles <span dir="ltr"><<a href="mailto:bowlese@gmail.com" target="_blank">bowlese@gmail.com</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="m_8324161039986106209h5"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-size:large;color:rgb(0,0,255)">Hello,</div><div class="gmail_default" style="font-size:large;color:rgb(0,0,255)"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:large;color:rgb(0,0,255)">I am getting an error running xval that has already been posted about:</div><div class="gmail_default"><font color="#0000ff" size="4"><a href="http://lists.r-forge.r-project.org/pipermail/adegenet-forum/2011-May/000282.html" target="_blank">http://lists.r-forge.r-project<wbr>.org/pipermail/adegenet-forum/<wbr>2011-May/000282.html</a></font><br></div><div class="gmail_default"><font color="#0000ff" size="4"><a href="http://lists.r-forge.r-project.org/pipermail/adegenet-forum/2016-November/001510.html" target="_blank">http://lists.r-forge.r-project<wbr>.org/pipermail/adegenet-forum/<wbr>2016-November/001510.html</a><br></font></div><div class="gmail_default"><font color="#0000ff" size="4"><a href="http://lists.r-forge.r-project.org/pipermail/adegenet-forum/2017-April/001579.html" target="_blank">http://lists.r-forge.r-project<wbr>.org/pipermail/adegenet-forum/<wbr>2017-April/001579.html</a><br></font></div><div class="gmail_default"><font color="#0000ff" size="4"><br></font></div><div class="gmail_default"><font color="#0000ff" size="4">

<span style="color:rgb(0,0,255);font-family:arial,sans-serif;font-size:large;font-style:normal;font-variant-ligatures:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:400;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial;float:none;display:inline">However, as far as I have found, the only response was from the 2011 post, and said that group member ship had to be provided. I think I have done this. Can you provide any advice on how i can trouble shoot this error to figure out if there is something wrong with my file?</span>

<br></font></div><div class="gmail_default"><font color="#0000ff" size="4"><br></font></div><div class="gmail_default"><font color="#0000ff" size="4">Specifically, I am trying to run xval (in prep for DAPC) on a dataset with 74 individuals and 7820 loci. Data is attached. I may not be able to run DAPC on the dataset, since it is possible that I have no population structure here, but that is what I'm trying to see. If do have structure, it shouldn't be more than two groups. Anyway, I run the following:</font></div><div class="gmail_default"><font color="#0000ff" size="4"><br></font></div><div class="gmail_default"><font color="#0000ff" size="4"><div class="gmail_default">rm(list=ls(all=T))</div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default">#load packages</div><div class="gmail_default">library("ape")</div><div class="gmail_default">library("genetics")</div><div class="gmail_default">library("pegas")</div><div class="gmail_default">library("seqinr")</div><div class="gmail_default">library("ggplot2")</div><div class="gmail_default">library("adegenet")</div><div><br></div><div><div>TaNoOdds <- read.structure("TaNoOddsWithOu<wbr>tsFilled.STRU", n.ind = 74, n.loc = 7820, onerowperind = FALSE, col.lab = 1, col.pop = 2, col.others = NULL, row.marknames = 1, NA.char = "0", ask = TRUE)</div></div><div><br></div></font></div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default"> mat <- scaleGen(TaNoOdds, NA.method="mean")</div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default">##then I get this error message</div><div class="gmail_default">Warning message:</div><div class="gmail_default">In .local(x, ...) : Some scaling values are null.</div><div class="gmail_default"> Corresponding alleles are removed.</div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default">I have run this exact same set of commands on seven other files  with no problem. Any thoughts about how to trouble-shoot are much appreciated.</div><div class="gmail_default"><br></div></div><div class="gmail_default"><font color="#0000ff" size="4">With thanks,</font></div><div class="gmail_default"><font color="#0000ff" size="4">Ella</font></div><span class="m_8324161039986106209m_1771348641218568777HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div>-- <br><div class="m_8324161039986106209m_1771348641218568777m_-6155451790048903264gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Ella Bowles, PhD<br>Postdoctoral Researcher<br>Department of Biology<br>Concordia University<br><br>Website: <a href="https://ellabowlesphd.wordpress.com/" target="_blank">https://ellabowlesphd<wbr>.wordpress.com/</a><br>Email: <a href="mailto:bowlese@gmail.com" target="_blank">bowlese@gmail.com</a></div></div></div></div></div></div></div>
</font></span></div>
<br></div></div>______________________________<wbr>_________________<br>
adegenet-forum mailing list<br>
<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">adegenet-forum@lists.r-forge.r<wbr>-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-projec<wbr>t.org/cgi-bin/mailman/listinfo<wbr>/adegenet-forum</a><br></blockquote></div><br></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="m_8324161039986106209gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Ella Bowles, PhD<br>Postdoctoral Researcher<br>Department of Biology<br>Concordia University<br><br>Website: <a href="https://ellabowlesphd.wordpress.com/" target="_blank">https://<wbr>ellabowlesphd.wordpress.com/</a><br>Email: <a href="mailto:bowlese@gmail.com" target="_blank">bowlese@gmail.com</a></div></div></div></div></div></div></div>
</div>
</div></div></blockquote></div><br></div>