<div dir="ltr">Hello<div><br></div><div>if your computer can afford it, I would stick to genind objects and use snapclust. The method is documented there:<br>tutorial: <a href="https://github.com/thibautjombart/adegenet/wiki/Tutorials">https://github.com/thibautjombart/adegenet/wiki/Tutorials</a></div><div>podcast: <a href="https://www.youtube.com/watch?v=Vl3cf0XHG7Q">https://www.youtube.com/watch?v=Vl3cf0XHG7Q</a></div><div>paper: <a href="https://besjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/2041-210X.12968">https://besjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/2041-210X.12968</a></div><div><br></div><div>Best</div><div>Thibaut</div><div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><br>--<br>Dr Thibaut Jombart<br>Lecturer, Department of Infectious Disease Epidemiology, Imperial College London<br>Head of RECON: <a href="http://repidemicsconsortium.org" target="_blank">repidemicsconsortium.org</a><br>WHO Consultant - outbreak analysis</div><div><a href="https://thibautjombart.netlify.com" target="_blank">https://thibautjombart.netlify.com</a><br>Twitter: @TeebzR<br>+44(0)20 7594 3658</div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On 16 April 2018 at 20:00, Lu Maffey <span dir="ltr"><<a href="mailto:lucia.maffey@gmail.com" target="_blank">lucia.maffey@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hi Thibaut and everyone! <br></div><div><br></div><div>I need some help with a DAPC analyses I'm trying to perform on my radseq data (whole genome for different mosquitoe samples, total of 65 individuals). (I'm new with Adegenet so I apologize in advance if this question is quite basic!). The samples are from different locations and I'm trying to stablish if there is population structure within the data. I have previously performed analyses using Structure which showed that there are different clusters (of course using fewer SNPs than the total number available because of the panmixia assumption). So I've created the genlight object with all the SNPs(after filtering low frequencies in plink) but when I use find.clusters, the BIC against number of clusters graph only shows increasing values of BIC. It never decreases. So I know that it's not the only way to determine the number of clusters to perform the analysis but I'm not sure wether this means that the program doesn't recognize any clusters within the data or some other issue. I've tried using the same value I've obtained for this data in Structure and it shows a similar asignation but I'm not sure if thisis correct. </div><div>If I perform a DAPC analyses, when I use the scatter function to show the results, the graph only shows the groups numbers, but no individual dots. Could you please give me some insight about what's going on here?</div><div><br></div><div>Thank you very much in advance!</div><div><br></div><div>cheers</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div>Lu   <br></div></font></span></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
adegenet-forum mailing list<br>
<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum@lists.r-forge.<wbr>r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-<wbr>project.org/cgi-bin/mailman/<wbr>listinfo/adegenet-forum</a><br></blockquote></div><br></div>