<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>I have been trying to follow the example of many MHC studies that use DAPC in adegenet to determine clusters/supertypes. According to what I've read, I need to use a matrix of the physicochemical properties of the amino acids in my MHC sequences to determine clustering. However, I can't get R to accept this matrix as a genind object. I have been able to turn it into a loci object but the loci2genind function returns an error:</div><div><br></div><div><div><font face="monospace, monospace">Error in .local(.Object, ...) : </font></div><div><font face="monospace, monospace">  more than one '.' in column names; please name column as [LOCUS].[ALLELE]</font></div><div><br></div><div>I have tried removing headers, changing the headers so they do resemble the "locus.allele" format, and nothing seems to work. I'm not sure if this is because this isn't a matrix of 0's and 1's (but rather values that include decimals and sometimes are negative). </div><div><br></div><div>Can you advise how to proceed with this dataset? Perhaps is there an example dataset used for this purpose?</div><div><br></div><div>Thank you,</div><div><br></div><div>Anat</div><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><font size="2" face="tahoma, sans-serif" color="#45818e">-- <br></font><div><font size="2" face="tahoma, sans-serif" color="#45818e">Anat Belasen (<a href="https://anatbelasen.weebly.com/" target="_blank">personal website</a>)</font></div><div><font size="2" face="tahoma, sans-serif" color="#45818e"><a href="https://sites.google.com/a/umich.edu/foufopoulos/people/former-graduate-postgraduate-students" target="_blank">M.S., Natural Resources and Environment 2013</a></font></div><div><font size="2" face="tahoma, sans-serif" color="#45818e"><a href="http://www.umich.edu/~mycology/people.html" target="_blank">PhD Candidate, Ecology & Evolutionary Biology</a></font></div><div><font size="2" face="tahoma, sans-serif" color="#45818e"><a href="http://femmes.studentorgs.umich.edu/" target="_blank">FEMMES</a> Secretary 2017-2018</font></div><div><font size="2" face="tahoma, sans-serif" color="#45818e">University of Michigan</font></div><div><font size="2" face="tahoma, sans-serif" color="#45818e">Ann Arbor, MI</font></div><div><a href="https://twitter.com/anatinmyshoe" style="font-family:tahoma,sans-serif;font-size:small" target="_blank">@anatinmyshoe</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div></div>