<div dir="ltr">Figured it out!  In one of my fasta files, I had three of the sample names capitalized and the other file they weren't.</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Feb 22, 2018 at 3:34 PM, Katharine Coykendall <span dir="ltr"><<a href="mailto:dollykc@gmail.com" target="_blank">dollykc@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello,<div> I've been following the instructions found at  <a href="http://popgen.nescent.org/PopDiffSequenceData.html" target="_blank">http://popgen.nescent.org/<wbr>PopDiffSequenceData.html</a> to do a hierarchical F analysis on my data.  I have two fasta files with the same 117 individuals in each file.  The files are different genes.  When I put them together using the read.multiFASTA command, it tells me that there are 120 sequences.  When I turn it into a genid object it says there are 120 individuals and 19 alleles.  I checked both files to make sure that the sample names are the same between them and they are. I was wondering if it had to do with add.gaps=TRUE so I tried to set it to false, but I get an error</div><div><div>Error in file(con, "rb") : cannot open the connection</div><div>In addition: Warning message:</div><div>In file(con, "rb") : cannot open file 'FALSE': No such file or directory</div></div><div><br></div><div>Is there an easy way to look at the multiFASTA or genid file to see where the extra three individuals are coming from?</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Katharine</div></div>
</blockquote></div><br></div>