<div dir="ltr"><div><div>Hi and congrats on your snapclust paper! I was thinking of trying the method on a couple of projects I'm working on. However, I work with fungi and fungus-like plant pathogens that exhibit a mixture of reproductive modes (e.g., selfing, clonality, mitotic reproduction). This means that we do not necessarily expect Hardy-Weinberg assumptions to be met. Your manual seems to come out pretty early stating that HW is important. I would guess that linkage disequilibrium (non-independence of loci) may be an issue also. So this raises my question: in systems where HW may not be assumed and where there may be linkage disequilibrium would I be better of using DAPC than snapclust?<br><br></div>Thanks!<br></div>Brian<br></div>