<div dir="ltr">Hi there<div><br></div><div>find.clusters is implemented for matrices as well, and should deal nicely with any kind of quantitative data. So it should apply readily to your data. Same for DAPC.</div><div><br></div><div>Best</div><div>Thibaut</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><br>--<br>Dr Thibaut Jombart<br>Lecturer, Department of Infectious Disease Epidemiology, Imperial College London<br>Head of RECON: <a href="http://repidemicsconsortium.org" target="_blank">repidemicsconsortium.org</a><br>WHO Consultant - outbreak analysis</div><div><a href="https://thibautjombart.netlify.com" target="_blank">https://thibautjombart.netlify.com</a><br>Twitter: @TeebzR<br>+44(0)20 7594 3658</div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On 1 February 2018 at 17:01, Mark Coulson <span dir="ltr"><<a href="mailto:Mark.Coulson.ic@uhi.ac.uk" target="_blank">Mark.Coulson.ic@uhi.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Ben,<br>
<br>
I have used allelotype data with the input as a matrix of the frequency of the A allele in each group to run DAPC and it worked well. However, my groups were defined already but could the same type of input not be used to find.clusters?<br>
<br>
Mark<br>
<div><div class="h5"><br>
<br>
-----Original Message-----<br>
From: <a href="mailto:adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum-bounces@lists.<wbr>r-forge.r-project.org</a> [mailto:<a href="mailto:adegenet-forum-bounces@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum-<wbr>bounces@lists.r-forge.r-<wbr>project.org</a>] On Behalf Of Benjamin Dauphin<br>
Sent: 31 January 2018 09:18<br>
To: <a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum@lists.r-forge.<wbr>r-project.org</a><br>
Subject: [adegenet-forum] Kmeans and DAPC on poolSeq data<br>
<br>
Dear all,<br>
<br>
I am newly working on pool sequencing data and I simply wonder if I can use kmeans (find.cluster) and DAPC to investigate population structure from poolseq data (allele frequencies)? How find.clusters can deal with allele frequencies?<br>
<br>
Dataset: 7 pools and 100’000 SNPs<br>
<br>
Any comment or help would be much appreciated.<br>
Best regards<br>
Ben<br>
<br>
<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
adegenet-forum mailing list<br>
<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum@lists.r-forge.<wbr>r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-<wbr>project.org/cgi-bin/mailman/<wbr>listinfo/adegenet-forum</a><br>
</div></div>Inverness College UHI, a partner in the University of the Highlands and Islands <a href="http://www.inverness.uhi.ac.uk" rel="noreferrer" target="_blank">www.inverness.uhi.ac.uk</a> Board of Management of Inverness College (known as Inverness College UHI), Scottish Charity No SC021197.<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5">______________________________<wbr>_________________<br>
adegenet-forum mailing list<br>
<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum@lists.r-forge.<wbr>r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-<wbr>project.org/cgi-bin/mailman/<wbr>listinfo/adegenet-forum</a></div></div></blockquote></div><br></div>