<div dir="ltr">Hi there, <div><br></div><div>I would analyse the empirical data separately. If you have clearly identified parental populations (i.e. prior knowledge, not identified by the method), sure you can benchmark the method using simulated hybrids. Otherwise, simulations will have less interest.</div><div><br></div><div>How would you go about bootstrapping the final probabilities?</div><div><br></div><div>Best</div><div>Thibaut</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><br>--<br>Dr Thibaut Jombart<br>Lecturer, Department of Infectious Disease Epidemiology, Imperial College London<br>Head of RECON: <a href="http://repidemicsconsortium.org" target="_blank">repidemicsconsortium.org</a><br>WHO Consultant - outbreak analysis</div><div><a href="https://thibautjombart.netlify.com" target="_blank">https://thibautjombart.netlify.com</a><br>Twitter: @TeebzR<br>+44(0)20 7594 3658</div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On 31 January 2018 at 00:18, Danielle Louise <span dir="ltr"><<a href="mailto:danielledanielle89@gmail.com" target="_blank">danielledanielle89@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hello. I am looking at implementing your snapclust function, and I am reading through your recent paper.<br>
<br>
 I have a few questions regarding incorporating empirical data. I have simulated data sets with parental and F1 F2 and BC and I am wondering how to incorporate the empirical data - do I add it in to the simulated data and measure the accuracy of the assignment to classes to then determine the reliability of detection of hybrids in the empirical data? The tutorial gives a good outline of using the simulated data, but I think I am missing something when it comes to checking the empirical data, so I am asking for some really practical advice about how to incorporate the empirical data ?  Also should we bootstrap the final probabilities to clarify the results?<br>
<br>
Thanks<br>
Dan<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
adegenet-forum mailing list<br>
<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum@lists.r-forge.<wbr>r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-<wbr>project.org/cgi-bin/mailman/<wbr>listinfo/adegenet-forum</a><br>
</blockquote></div><br></div>