<div dir="ltr">Hello, <div><br></div><div>I imported a vcf file and converted it to a genlight object using vcfR as follows:</div><div><br></div><div><div>gl.x <- vcfR2genlight(file.vcf)</div><div>ploidy(gl.x) <- 2<br></div><div>pop <- read.csv("popfile.csv", sep=",", header=TRUE)<br></div><div>pop(gl.x) <- pop$Pop<br></div></div><div><br></div><div>The dataset has ~10% missing data. When using the glPca function, do you need to first convert the missing data to the mean and transform it based on frequency using the tab function (tab(gl.x, NA.method="mean", freq=TRUE)), or does that happen "behind the scenes"?</div><div><br></div><div>I ask because the glPca will proceed without that conversion, while a dudi.pca will not. </div><div><br></div><div>Thank you for your time,</div><div>Mike</div><div><br></div></div>