<div dir="ltr"><div>Hello, </div><div><br></div><div>I imported a vcf file and converted it to a genlight object using vcfR as follows:</div><div><br></div><div><font face="monospace, monospace">gl.x <- vcfR2genlight(file.vcf)</font></div><div><font face="monospace, monospace">ploidy(gl.x) <- 2</font></div><div><font face="monospace, monospace">pop <- read.csv("popfile.csv", sep=",", header=TRUE)</font></div><div><font face="monospace, monospace">pop(gl.x) <- pop$Pop</font></div><div><br></div><div>The dataset has ~10% missing data. When using the glPca function, do you need to first convert the missing data to the mean and transform it based on frequency using the tab function (<font face="monospace, monospace">tab(gl.x, NA.method="mean", freq=TRUE)</font>), or does that happen "behind the scenes"?</div><div><br></div><div>I ask because the glPca will proceed without that conversion, while a dudi.pca will not. </div><div><br></div><div>Thank you for your time,</div><div>Mike</div>
</div>