
<html><body><div style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; font-size: 12pt; color: #000000"><div>Sorry for the late reply. Can you make a small subset of your data which demonstrates this problem?</div><div><br></div><div data-marker="__SIG_PRE__">----<br>In god we trust, all others bring data.</div><br><hr id="zwchr" data-marker="__DIVIDER__"><div data-marker="__HEADERS__"><b>From: </b>"Rob Syme" <rob.syme@gmail.com><br><b>To: </b>adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org<br><b>Cc: </b>"muhammadqudratullah farooqi" <muhammadqudratullah.farooqi@uwa.edu.au><br><b>Sent: </b>Monday, November 20, 2017 10:41:11 AM<br><b>Subject: </b>[adegenet-forum] Question about seploc error: "Error in dimnames(x) <- dn : length of 'dimnames' [2] not equal to array extent"<br></div><br><div data-marker="__QUOTED_TEXT__"><div dir="ltr">In trying to run seploc on a genind object (output from gl.read.silicodart from dartR v0.93), I get the error:<br><div>>is.genind(gl)</div><div><div>[1] TRUE</div></div><div>> seploc(gl)</div><div><div class="inbox-inbox-GNKRCKGCDUC inbox-inbox-ace_constant" style="display:inline;word-wrap:break-word;word-break:break-word;color:rgb(197,6,11);font-family:"Ubuntu Mono","Droid Sans Mono","DejaVu Sans Mono",monospace;font-size:13.8667px">Error in dimnames(x) <- dn : length of 'dimnames' [2] not equal to array extent</div><span style="font-family:"Ubuntu Mono","Droid Sans Mono","DejaVu Sans Mono",monospace;font-size:13.8667px;background-color:rgb(229,229,229)"></span><div class="inbox-inbox-GNKRCKGCEUC" style="margin-top:0.5em;margin-left:0.3em;font-family:"Ubuntu Mono","Droid Sans Mono","DejaVu Sans Mono",monospace;font-size:13.8667px"><table class="inbox-inbox-GNKRCKGCLUC" style="clear:both"><colgroup><col><col></colgroup><tbody><tr><td class="inbox-inbox-GNKRCKGCMUC" style="vertical-align:top;width:1.5em;text-align:right;margin-top:0.3em;white-space:nowrap;line-height:1.2;font-size:10.4pt"><div class="inbox-inbox-ace_constant inbox-inbox-ace_numeric" style="color:rgb(0,0,205)">10.</div></td><td style="line-height:1.2;font-size:10.4pt"><div><div class="inbox-inbox-GNKRCKGCNUC" style="display:inline">`colnames<-`(`*tmp*`, value = seq(ncol(tab)))</div><a class="inbox-inbox-GNKRCKGCPUC inbox-inbox-ace_constant inbox-inbox-ace_numeric" style="color:rgb(0,0,205)"></a></div></td></tr></tbody></table><table class="inbox-inbox-GNKRCKGCLUC" style="clear:both"><colgroup><col><col></colgroup><tbody><tr><td class="inbox-inbox-GNKRCKGCMUC" style="vertical-align:top;width:1.5em;text-align:right;margin-top:0.3em;white-space:nowrap;line-height:1.2;font-size:10.4pt"><div class="inbox-inbox-ace_constant inbox-inbox-ace_numeric" style="color:rgb(0,0,205)">9.</div></td><td style="line-height:1.2;font-size:10.4pt"><div><div class="inbox-inbox-GNKRCKGCNUC" style="display:inline">.local(.Object, ...)</div><a class="inbox-inbox-GNKRCKGCPUC inbox-inbox-ace_constant inbox-inbox-ace_numeric" style="color:rgb(0,0,205)"></a></div></td></tr></tbody></table><table class="inbox-inbox-GNKRCKGCLUC" style="clear:both"><colgroup><col><col></colgroup><tbody><tr><td class="inbox-inbox-GNKRCKGCMUC" style="vertical-align:top;width:1.5em;text-align:right;margin-top:0.3em;white-space:nowrap;line-height:1.2;font-size:10.4pt"><div class="inbox-inbox-ace_constant inbox-inbox-ace_numeric" style="color:rgb(0,0,205)">8.</div></td><td style="line-height:1.2;font-size:10.4pt"><div><div class="inbox-inbox-GNKRCKGCNUC" style="display:inline">initialize(value, ...)</div><a class="inbox-inbox-GNKRCKGCPUC inbox-inbox-ace_constant inbox-inbox-ace_numeric" style="color:rgb(0,0,205)"></a></div></td></tr></tbody></table><table class="inbox-inbox-GNKRCKGCLUC" style="clear:both"><colgroup><col><col></colgroup><tbody><tr><td class="inbox-inbox-GNKRCKGCMUC" style="vertical-align:top;width:1.5em;text-align:right;margin-top:0.3em;white-space:nowrap;line-height:1.2;font-size:10.4pt"><div class="inbox-inbox-ace_constant inbox-inbox-ace_numeric" style="color:rgb(0,0,205)">7.</div></td><td style="line-height:1.2;font-size:10.4pt"><div><div class="inbox-inbox-GNKRCKGCNUC" style="display:inline">initialize(value, ...)</div><a class="inbox-inbox-GNKRCKGCPUC inbox-inbox-ace_constant inbox-inbox-ace_numeric" style="color:rgb(0,0,205)"></a></div></td></tr></tbody></table><table class="inbox-inbox-GNKRCKGCLUC" style="clear:both"><colgroup><col><col></colgroup><tbody><tr><td class="inbox-inbox-GNKRCKGCMUC" style="vertical-align:top;width:1.5em;text-align:right;margin-top:0.3em;white-space:nowrap;line-height:1.2;font-size:10.4pt"><div class="inbox-inbox-ace_constant inbox-inbox-ace_numeric" style="color:rgb(0,0,205)">6.</div></td><td style="line-height:1.2;font-size:10.4pt"><div><div class="inbox-inbox-GNKRCKGCNUC" style="display:inline">new("genind", ...)</div><a class="inbox-inbox-GNKRCKGCPUC inbox-inbox-ace_constant inbox-inbox-ace_numeric" style="color:rgb(0,0,205)"></a></div></td></tr></tbody></table><table class="inbox-inbox-GNKRCKGCLUC" style="clear:both"><colgroup><col><col></colgroup><tbody><tr><td class="inbox-inbox-GNKRCKGCMUC" style="vertical-align:top;width:1.5em;text-align:right;margin-top:0.3em;white-space:nowrap;line-height:1.2;font-size:10.4pt"><div class="inbox-inbox-ace_constant inbox-inbox-ace_numeric" style="color:rgb(0,0,205)">5.</div></td><td style="line-height:1.2;font-size:10.4pt"><div><div class="inbox-inbox-GNKRCKGCNUC" style="display:inline">FUN(X[[i]], ...)</div><a class="inbox-inbox-GNKRCKGCPUC inbox-inbox-ace_constant inbox-inbox-ace_numeric" style="color:rgb(0,0,205)"></a></div></td></tr></tbody></table><table class="inbox-inbox-GNKRCKGCLUC" style="clear:both"><colgroup><col><col></colgroup><tbody><tr><td class="inbox-inbox-GNKRCKGCMUC" style="vertical-align:top;width:1.5em;text-align:right;margin-top:0.3em;white-space:nowrap;line-height:1.2;font-size:10.4pt"><div class="inbox-inbox-ace_constant inbox-inbox-ace_numeric" style="color:rgb(0,0,205)">4.</div></td><td style="line-height:1.2;font-size:10.4pt"><div><div class="inbox-inbox-GNKRCKGCNUC" style="display:inline">lapply(kX, genind, pop = x@pop, prevcall = prevcall, ploidy = x@ploidy, type = x@type)</div><a class="inbox-inbox-GNKRCKGCPUC inbox-inbox-ace_constant inbox-inbox-ace_numeric" style="color:rgb(0,0,205)"></a></div></td></tr></tbody></table><table class="inbox-inbox-GNKRCKGCLUC" style="clear:both"><colgroup><col><col></colgroup><tbody><tr><td class="inbox-inbox-GNKRCKGCMUC" style="vertical-align:top;width:1.5em;text-align:right;margin-top:0.3em;white-space:nowrap;line-height:1.2;font-size:10.4pt"><div class="inbox-inbox-ace_constant inbox-inbox-ace_numeric" style="color:rgb(0,0,205)">3.</div></td><td style="line-height:1.2;font-size:10.4pt"><div><div class="inbox-inbox-GNKRCKGCNUC" style="display:inline">.local(x, ...)</div><a class="inbox-inbox-GNKRCKGCPUC inbox-inbox-ace_constant inbox-inbox-ace_numeric" style="color:rgb(0,0,205)"></a></div></td></tr></tbody></table><table class="inbox-inbox-GNKRCKGCLUC" style="clear:both"><colgroup><col><col></colgroup><tbody><tr><td class="inbox-inbox-GNKRCKGCMUC" style="vertical-align:top;width:1.5em;text-align:right;margin-top:0.3em;white-space:nowrap;line-height:1.2;font-size:10.4pt"><div class="inbox-inbox-ace_constant inbox-inbox-ace_numeric" style="color:rgb(0,0,205)">2.</div></td><td style="line-height:1.2;font-size:10.4pt"><div><div class="inbox-inbox-GNKRCKGCNUC" style="display:inline">seploc(gl)</div><a class="inbox-inbox-GNKRCKGCPUC inbox-inbox-ace_constant inbox-inbox-ace_numeric" style="color:rgb(0,0,205)"></a></div></td></tr></tbody></table><table class="inbox-inbox-GNKRCKGCLUC" style="clear:both"><colgroup><col><col></colgroup><tbody><tr><td class="inbox-inbox-GNKRCKGCMUC" style="vertical-align:top;width:1.5em;text-align:right;margin-top:0.3em;white-space:nowrap;line-height:1.2;font-size:10.4pt"><div class="inbox-inbox-ace_constant inbox-inbox-ace_numeric" style="color:rgb(0,0,205)">1.</div></td><td style="line-height:1.2;font-size:10.4pt"><div><div class="inbox-inbox-GNKRCKGCNUC" style="display:inline">seploc(gl)</div></div></td></tr></tbody></table></div></div><br><div>Is there any way we can track down what peculiarity of our input data is causing the error?<br></div><br><div>Thanks</div><br><div>Rob Syme</div><div>Curtin University</div></div>

<br>_______________________________________________<br>adegenet-forum mailing list<br>adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org<br>https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum<br></div></div></body></html>