<div dir="ltr">

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Dear Adegenet user,</span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><br></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I was
previously using adegenet package for genetic applications.</span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Since I
started to use the DAPC function. The methods is very informative. However
there are some details that I would like to understand better.</span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">The main
objective of my use is to group a certain number of plant genotype regarding to
their genotypic background.</span><span lang="EN-US"> Each
genotype are homozygous lines.</span>

</p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I have no
prerequisite information for any genotype. Therefore the main idea is to
attribute a “group number” for each of my plants.</span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I does work
fine with a good comprehensiveness regarding to the information that I have
for each plants (origin, parents...)<br></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">However,
one of the limitations that I face is the repeatability of the grouping. If
running several time, a certain number of plant will be attributed to a
different group. Is there a cross-validation procedure at this step in order to
look at the percentage of plant always grouped together for each run ?</span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Furthermore,
even if my grouping are quite consistent “group wise” from one run to the
other, the grouping number will change. Is there a way to solve that (for
instance give a group number to the founder genotype of our population) ?</span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Then I have
a second issue. After the first step which define my groups, I would like to
plot hybrids genotypes which should (could) be an admixture between 2 groups. Therefore
I cannot use them to build my groups as they add some noise to the model. I
wanted to use the procedure described in the tutorial using supplementary
individuals. I realized that it only works if the supplementary individuals
have already grouping information, however I don’t have this information.
Indeed I only want to see (mostly visually) where the hybrids are positioned in
relation to the other groups that I previously defined. Is there a way to use
the script to do that ?</span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Thanks in
advance for your help.</span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Best
regards.</span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span></p>

<div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div><b>Flo</b><span></span></div></div></div></div>
</div>