<div dir="ltr">Hi Sandra<div><br></div><div>it depends on what you are looking for, and which method you used for this analysis. </div><div><br></div><div>What you are looking for: </div><div>- migrants: I would assume these would be individuals fully classified in a group while being tagged as members of another</div><div>- admixed individuals: these would be hybrids between parental populations, so appearing as 'mixed genotypes'</div><div><br></div><div>The method:</div><div>DAPC tends to make clear-cut groups, so you may be good at identifying migrants as defined above. If you are looking for hybrids, then DAPC is not the way to go. Adegenet has a good alternative for this now, but it is not too well documented, with a disclaimer: "don't use yet, we work on that stuff".  As a matter of fact I am submitting a revision of the MS today. If you are interested in this, then PM me and we can discuss things further.</div><div><br></div><div>Best</div><div>Thibaut  </div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><br>--<br>Dr Thibaut Jombart<br>Lecturer, Department of Infectious Disease Epidemiology, Imperial College London<br>Head of RECON: <a href="http://repidemicsconsortium.org" target="_blank">repidemicsconsortium.org</a><br>WHO Consultant - outbreak analysis<br><a href="http://sites.google.com/site/thibautjombart/" target="_blank">sites.google.com/site/thibautjombart/</a><br>Twitter: @TeebzR<br>+44(0)20 7594 3658</div></div>
<br><div class="gmail_quote">On 12 September 2017 at 14:15, Sandra Ludwig <span dir="ltr"><<a href="mailto:sand.ludwig@gmail.com" target="_blank">sand.ludwig@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello, <div><br></div><div>I`m working with 8 loci of msats in several fish populations from Brazil, and during the analysis I'm using adegenet package to identify clusters (k) and also to estimate migration pattern between the populations. </div><div>So...I'm wondering if I can assume that the individuals with mixed genotypes (see the output below) could be migrants individuals that were sampled in distinct populations? <img src="cid:ii_15e762fb70a24660" alt="Imagem inline 1" width="453" height="163"></div><div><br></div><div>Thanks for your help!!  </div><div>Sandra<br clear="all"><div><div class="m_-2092229952939657376gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>------</div>Sandra Ludwig</div><div dir="ltr"><font face="times new roman, serif" size="2" color="#666666">Substitute Profesor of Zoology </font><br><div><div style="font-size:12.8px;color:rgb(0,0,0);font-family:HelveticaNeue,"Helvetica Neue",Helvetica,Arial,"Lucida Grande",sans-serif"><span style="color:rgb(91,91,91);font-family:"times new roman","new york",times,serif;font-size:12.8px">Laboratory of Biotecnology and Molecular Markers - E3 179</span><br></div><div><font color="#666666" face="times new roman, serif">Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil</font><br><font face="times new roman, new york, times, serif" style="font-size:12.8px;color:rgb(91,91,91)">Phone: </font><font face="times new roman, serif" size="2" color="#666666"><a href="tel:+55%2031%2097101-3052" value="+5531971013052" target="_blank">(+55031) 97101-3052</a></font><br></div><div style="font-size:12.8px;color:rgb(91,91,91);font-family:"times new roman","new york",times,serif"><a href="mailto:faperini@ufmg.br" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">s</a><a href="mailto:andraludwig@ufmg.br" target="_blank">andraludwig@ufmg.br</a></div><div style="font-size:12.8px;color:rgb(91,91,91);font-family:"times new roman","new york",times,serif"><span style="color:rgb(50,108,153);font-family:Tahoma,Geneva,sans-serif;font-size:10px"><a href="http://lattes.cnpq.br/6627603237397917" target="_blank">http://lattes.cnpq.br/<wbr>6627603237397917</a></span><br></div><div style="font-size:12.8px;color:rgb(91,91,91);font-family:"times new roman","new york",times,serif"><br></div></div><div><div><br><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
adegenet-forum mailing list<br>
<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum@lists.r-forge.<wbr>r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-<wbr>project.org/cgi-bin/mailman/<wbr>listinfo/adegenet-forum</a><br></blockquote></div><br></div>