<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>I am new to Adegenet. I would like to retrieve population frequencies of SNPs (using rsID) from the HGDP file "HGDP_FinalReport_Forward.txt" : <a href="http://www.hagsc.org/hgdp/files.html">http://www.hagsc.org/hgdp/files.html</a></div><div><br></div><div>However, the file lacks population information. It contains SNPs x individuals. </div><div>I need a file structured like the eHGDP (except with SNPs and not microsatellite data) file provided with the package, that can be easily converted into genpop file and then compute the frequencies via makefreq.</div><div>Do you know if there is any such file downloadable on the internet? </div><div>i guess there must be a way to produce such a file using ADEGENET starting from raw data. but my knowledge of this package is not advanced enough yet.</div><div><br></div><div>Best wishes,</div><div><br>Davide</div></div>