<div dir="ltr">Hello, <div><br></div><div>there is no tool specifically dedicated to this, but you could run a PCA, retain axes corresponding to the xxx% of variance, and then keep only the alleles contributing most to these axes. Here's a quick example:</div><div><br></div><div><div><font face="monospace, monospace">> data(sim2pop)</font></div><div><font face="monospace, monospace">> pca1 <- dudi.pca(tab(sim2pop), scannf = FALSE, nf = 3)</font></div><div><font face="monospace, monospace">> contrib <- pca1$c1^2</font></div><div><font face="monospace, monospace">> which(contrib > 0.01, TRUE)  # contrib > 1%</font></div><div><font face="monospace, monospace">       row col</font></div><div><font face="monospace, monospace">L02.06  21   1</font></div><div><font face="monospace, monospace">L04.02  47   1</font></div><div><font face="monospace, monospace">L05.02  60   1</font></div><div><font face="monospace, monospace">L05.09  67   1</font></div><div><font face="monospace, monospace">L06.6   74   1</font></div><div><font face="monospace, monospace">L07.7   84   1</font></div><div><font face="monospace, monospace">L08.07  91   1</font></div><div><font face="monospace, monospace">L09.8  102   1</font></div><div><font face="monospace, monospace">L09.9  103   1</font></div><div><font face="monospace, monospace">L10.01 104   1</font></div><div><font face="monospace, monospace">L10.12 115   1</font></div><div><br></div></div><div><font face="monospace, monospace">[...]</font></div><div><br></div><div>Best</div><div>Thibaut</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><br>--<br>Dr Thibaut Jombart<br>Lecturer, Department of Infectious Disease Epidemiology, Imperial College London<br>Head of RECON: <a href="http://repidemicsconsortium.org" target="_blank">repidemicsconsortium.org</a><br>WHO Consultant - outbreak analysis<br><a href="http://sites.google.com/site/thibautjombart/" target="_blank">sites.google.com/site/thibautjombart/</a><br>Twitter: @TeebzR<br>+44(0)20 7594 3658</div></div>
<br><div class="gmail_quote">On 7 August 2017 at 13:45, Ngoc-Tien Tran <span dir="ltr"><<a href="mailto:Ngoc-Tien.Tran@insa-rennes.fr" target="_blank">Ngoc-Tien.Tran@insa-rennes.fr</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hello,<br>
I'm working with SNP data with a large number of loci.<br>
I would like to know if there is a tool in the package "adegenet" allowing me to select just one smaller set of loci without loosing information.<br>
<br>
Thanks for your help !<br>
Best wishes,<br>
Ngoc-Tien<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br>
--<br>
------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>--<br>
TRAN Ngoc-Tien<br>
Département Génie Mathématiques/Analyse de Risque et Optimisation et Modélisation.<br>
INSA-Rennes<br>
Tel : <a href="tel:%2B33.%280%297.51.57.96.53" value="+33751579653">+33.(0)7.51.57.96.53</a><br>
@mail : <a href="mailto:ngoc-tien.tran@insa-rennes.fr">ngoc-tien.tran@insa-rennes.fr</a><br>
______________________________<wbr>_________________<br>
adegenet-forum mailing list<br>
<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum@lists.r-forge.<wbr>r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-<wbr>project.org/cgi-bin/mailman/<wbr>listinfo/adegenet-forum</a></font></span></blockquote></div><br></div>