<div dir="ltr">Hi there, <div><br></div><div>yes, you can provide whatever 'dist' object you want to ade4::mantel.randtest. If you start from a symmetric matrix coming from another software, you can read it into R and convert it to dist using 'as.dist'.</div><div><br></div><div>Cheers</div><div>Thibaut</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><br>--<br>Dr Thibaut Jombart<br>Lecturer, Department of Infectious Disease Epidemiology, Imperial College London<br>Head of RECON: <a href="http://repidemicsconsortium.org" target="_blank">repidemicsconsortium.org</a><br>WHO Consultant - outbreak analysis<br><a href="http://sites.google.com/site/thibautjombart/" target="_blank">sites.google.com/site/thibautjombart/</a><br>Twitter: @TeebzR<br>+44(0)20 7594 3658</div></div>
<br><div class="gmail_quote">On 24 August 2017 at 20:22, Arsalan Emami-Khoyi <span dir="ltr"><<a href="mailto:arsalan@pobox.com" target="_blank">arsalan@pobox.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><u></u>




<div><div style="font-family:menlo,consolas,monospace">Dear Thibut and Adegenet team,<br></div>
<div style="font-family:menlo,consolas,monospace">I would like to thank you for your contributions to the scientific community.<br></div>
<div style="font-family:menlo,consolas,monospace">I am estimating IBD for the same species using  three different data sets : mtDNA,microsatellie, and SNPs.<br></div>
<div style="font-family:menlo,consolas,monospace">For being consistent across the data sets we need to use appropriate distance matrices.<br></div>
<div style="font-family:menlo,consolas,monospace">I am wondering if there is any way to use our in-house distant matrices instead of provided distance measures?<br></div>
<div style="font-family:menlo,consolas,monospace">I will deeply appreciate your suggestions regarding the optimal distant method for each kind of data sets.<br></div>
<div style="font-family:menlo,consolas,monospace">Many thanks in advance and see you in October!</div>
<div style="font-family:menlo,consolas,monospace"><br></div>
<div style="font-family:menlo,consolas,monospace"><br></div>
<div style="font-family:menlo,consolas,monospace"><br></div>
<div id="m_273145337711170550sig43071666"><div class="m_273145337711170550signature"><span class="m_273145337711170550font" style="font-family:menlo,consolas,monospace,sans-serif">Regards</span><br></div>
<div class="m_273145337711170550signature"><span class="m_273145337711170550font" style="font-family:menlo,consolas,monospace,sans-serif"></span><br></div>
<div class="m_273145337711170550signature"><span class="m_273145337711170550font" style="font-family:menlo,consolas,monospace,sans-serif">Arsalan Emami-Khoyi</span><span class="m_273145337711170550font" style="font-family:menlo,consolas,monospace,sans-serif"></span><br></div>
<div class="m_273145337711170550signature"><span class="m_273145337711170550font" style="font-family:menlo,consolas,monospace,sans-serif">Postdoctoral Research Fellow in Wildlife Genomics</span><span class="m_273145337711170550font" style="font-family:menlo,consolas,monospace,sans-serif"></span><br></div>
<div class="m_273145337711170550signature"><span class="m_273145337711170550font" style="font-family:menlo,consolas,monospace,sans-serif">University of Johannesburg_Center for Ecological Genomics and Wildlife Conservation</span><br></div>
<div class="m_273145337711170550signature"><span class="m_273145337711170550font" style="font-family:menlo,consolas,monospace,sans-serif">Auckland Park 2006</span><span class="m_273145337711170550font" style="font-family:menlo,consolas,monospace,sans-serif"></span><br></div>
<div class="m_273145337711170550signature"><span class="m_273145337711170550font" style="font-family:menlo,consolas,monospace,sans-serif">South Africa</span><span class="m_273145337711170550font" style="font-family:menlo,consolas,monospace,sans-serif"></span><br></div>
<div class="m_273145337711170550signature"><span class="m_273145337711170550font" style="font-family:menlo,consolas,monospace,sans-serif">Email : </span><a href="mailto:Arsalane@uj.ac.za" target="_blank"><span class="m_273145337711170550font" style="font-family:menlo,consolas,monospace,sans-serif">Arsalane@uj.ac.za</span></a><span class="m_273145337711170550font" style="font-family:menlo,consolas,monospace,sans-serif"></span><br></div>
<div class="m_273145337711170550signature"><span class="m_273145337711170550font" style="font-family:menlo,consolas,monospace,sans-serif">Phone :<a href="tel:+27%2011%20559%203373" value="+27115593373" target="_blank">+27 (0)11 559 3373</a></span><span class="m_273145337711170550font" style="font-family:menlo,consolas,monospace,sans-serif"></span><br></div>
<div class="m_273145337711170550signature"><span class="m_273145337711170550font" style="font-family:menlo,consolas,monospace,sans-serif">Cellphone:+27 79 88 14 628</span><span class="m_273145337711170550font" style="font-family:menlo,consolas,monospace,sans-serif"></span><br></div>
<div class="m_273145337711170550signature"><span class="m_273145337711170550font" style="font-family:menlo,consolas,monospace,sans-serif">Website :</span><a href="https://sites.google.com/site/drpeterteske/postdocs" target="_blank"><span class="m_273145337711170550font" style="font-family:menlo,consolas,monospace,sans-serif">https://sites.google.com/<wbr>site/drpeterteske/postdocs</span></a><br></div>
</div>
<div style="font-family:menlo,consolas,monospace"><br></div>
</div>

<br>______________________________<wbr>_________________<br>
adegenet-forum mailing list<br>
<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum@lists.r-forge.<wbr>r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-<wbr>project.org/cgi-bin/mailman/<wbr>listinfo/adegenet-forum</a><br></blockquote></div><br></div>