<div dir="ltr">Hi Mark, <div><br></div><div>in principle you could use genlight, setting the ploidy for each pool to (the number of individuals) * ploidy. It should still be quite efficient in terms of memory savings, and run decently fast for a small number of pools (<100).</div><div><br></div><div>Best</div><div>Thibaut</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><br>--<br>Dr Thibaut Jombart<br>Lecturer, Department of Infectious Disease Epidemiology, Imperial College London<br>Head of RECON: <a href="http://repidemicsconsortium.org" target="_blank">repidemicsconsortium.org</a><br>WHO Consultant - outbreak analysis<br><a href="http://sites.google.com/site/thibautjombart/" target="_blank">sites.google.com/site/thibautjombart/</a><br>Twitter: @TeebzR<br>+44(0)20 7594 3658</div></div>
<br><div class="gmail_quote">On 17 May 2017 at 16:48, Mark Coulson <span dir="ltr"><<a href="mailto:coulsonmw@gmail.com" target="_blank">coulsonmw@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><p class="MsoNormal">Hi<span></span></p>

<p class="MsoNormal"><span> </span></p>

<p class="MsoNormal">I have allele frequency data for pools of individuals (no
individual genotype data) for >500,000 SNPs. I know I can do a dapc on
allele frequencies directly but given this many SNPs should I be using a
‘genlight’ object or is this only for individual genotypes?<span></span></p>

<p class="MsoNormal"><span> </span></p>

<p class="MsoNormal">Thanks,<span></span></p></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
adegenet-forum mailing list<br>
<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum@lists.r-forge.<wbr>r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-<wbr>project.org/cgi-bin/mailman/<wbr>listinfo/adegenet-forum</a><br></blockquote></div><br></div>