<div dir="ltr">Dear JL, <div><br></div><div>this is a good idea, but I must confess I have never used varimax rotation myself, so I can't advise on this. This said, it would be nice to see a documented example on genetic data, if it turns out to be useful.</div><div><br></div><div>Best</div><div>Thibaut</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><br>--<br>Dr Thibaut Jombart<br>Lecturer, Department of Infectious Disease Epidemiology, Imperial College London<br>Head of RECON: <a href="http://repidemicsconsortium.org" target="_blank">repidemicsconsortium.org</a><br>WHO Consultant - outbreak analysis<br><a href="http://sites.google.com/site/thibautjombart/" target="_blank">sites.google.com/site/thibautjombart/</a><br>Twitter: @TeebzR<br>+44(0)20 7594 3658</div></div>
<br><div class="gmail_quote">On 9 June 2017 at 16:08, Jean-Luc Legras <span dir="ltr"><<a href="mailto:jean-luc.legras@inra.fr" target="_blank">jean-luc.legras@inra.fr</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word">
Hi all
<div><br>
</div>
<div>Adegenet is a fantastic tool for population genetic analysis. </div>
<div> I used a  PCA on my dataset and populations are clearly clustered. However, in this case  they do not fit with the axis.  I was wondering if it was possible to setup a Varimax procedure after the PCA  (here centered, unscaled PCA) in order to
 make the main population dispersal fit the axis...</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Best regards.</div>
<div><br>
</div>
<div>JL</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div style="margin:0px;line-height:normal">scatter plot;</div>
</div>
<div><br>
</div>
<div><img id="m_-87196771949350270759E8FA658-751F-4314-9E85-11CE34077334" height="428" width="551" src="cid:D9361326-297A-4A22-9067-F601280ED06C@supagro.inra.fr"></div>
</div>

<br>______________________________<wbr>_________________<br>
adegenet-forum mailing list<br>
<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum@lists.r-forge.<wbr>r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-<wbr>project.org/cgi-bin/mailman/<wbr>listinfo/adegenet-forum</a><br></blockquote></div><br></div>