<div dir="ltr">Hi there<div><br></div><div>there are different ways you can go about this. If RAM isn't an issue, and some loci have more than 2 alleles, then you can use df2genind on a data.frame where alleles are coded with letters separated by a character, e.g. "a / t / a / g", or even "atag", i.e. no separator but you'll need to specify the n.char argument. </div><div><br></div><div>If RAM is an issue, genlight will let you store information on polyploids (see the tutorial on 'genomics'). The input would be a matrix of integers, each representing the number of the 2nd alleles (indiv in rows, SNPs in columns).</div><div><br></div><div>Best</div><div>Thibaut</div><div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><br>--<br>Dr Thibaut Jombart<br>Lecturer, Department of Infectious Disease Epidemiology, Imperial College London<br>Head of RECON: <a href="http://repidemicsconsortium.org" target="_blank">repidemicsconsortium.org</a><br>WHO Consultant - outbreak analysis<br><a href="http://sites.google.com/site/thibautjombart/" target="_blank">sites.google.com/site/thibautjombart/</a><br>Twitter: @TeebzR<br>+44(0)20 7594 3658</div></div>
<br><div class="gmail_quote">On 30 May 2017 at 20:06, Weiya Xue <span dir="ltr"><<a href="mailto:wxx10@psu.edu" target="_blank">wxx10@psu.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">





<div lang="EN-US" link="#0563C1" vlink="#954F72">
<div class="m_-1237308929063513836WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hi ,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">I want to use adegenet for SNP data analysis in ployploids. How should I prepare the data?<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Does any one have the <span>
syntax of the input file?<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span>Thanks,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span>Weiya Xue<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
</div>

<br>______________________________<wbr>_________________<br>
adegenet-forum mailing list<br>
<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum@lists.r-forge.<wbr>r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-<wbr>project.org/cgi-bin/mailman/<wbr>listinfo/adegenet-forum</a><br></blockquote></div><br></div>