<div dir="ltr"><p id="gmail-yui_3_14_1_1_1498771173170_1480">Thanks in advance!</p>
<p>I have a dataset of genotypes from microsatellite loci and I'm looking to analyze population structure. Program STRUCTURE shows essentially no clusters, and I'd like to use DAPC to get another perspective.</p>
<p>I've run the 'find.clusters' code and the BIC suggests K=2, but the assignments are unreliable (equal assignments across all sites to both clusters). I am interpreting this to mean that K=1 and all samples likely form a single cluster.</p>
<p>Now, I'd like to use my apriori site groupings to draw a scatterplot and am using the DAPC web server to cross-validate and suggest the number of PCs to retain. I get notably different scatterplots depending on whether I choose 'group' or 'overall' to assess. The sites have more spatial differentiation when using 'group', and essentially all overlap when using 'overall'. I understand that success is calculated by my groups or overall depending on the choice, but what does this mean in application? Can someone help explain why these plots differ and which is better to use?</p>
<p>Many thanks!</p><p>Stephanie</p>
<br><br></div>