
<html>


<head>


<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">


</head>


<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif;">


<div>


<div>


<div>Hi all,</div>


<div><br>


</div>


<div>I am using the find.clusters function in Adegenet to identify an appropriate number of k’s for my outlier SNPs. It is a small-ish dataset with only 8 outlier SNPs and 184 individuals.</div>


<div>The BIC versus cluster plot that I received is a bit strange. At k=1 BIC is slightly above 0, but for k=2 BIC falls below o and for all the other k’s BIC is getting progressively more negative, until it plateau’s off at k=15.</div>


<div>I was just wondering if a negative BIC is ok to decide how many clusters the data has? I have not had a negative BIC plot returned with other datasets before, however they have had many more loci in them.</div>


<div><br>


</div>


<div>Cheers,</div>


<div>


<div id="MAC_OUTLOOK_SIGNATURE">


<div><font class="Apple-style-span" color="#000000"><font class="Apple-style-span" face="Calibri"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;">Laura</span></font></font></div>


<div><font class="Apple-style-span" color="#000000"><font class="Apple-style-span" face="Calibri"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;"><br>


</span></font></font></div>


<div><font class="Apple-style-span" color="#000000"><font class="Apple-style-span" face="Calibri"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;">PhD Candidate</span></font></font></div>


<div><font class="Apple-style-span" color="#000000"><font class="Apple-style-span" face="Calibri"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;">Department of Ecology, Environment and Evolution| La Trobe University | Bundoora 3086 | Australia</span></font></font></div>


<div><font class="Apple-style-span" color="#000000"><font class="Apple-style-span" face="Calibri"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;"><br>


</span></font></font></div>


<div><font class="Apple-style-span" color="#000000"><font class="Apple-style-span" face="Calibri"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;">m: +61 408 642 006 | e: 17869067@students.latrobe.edu.au</span></font></font></div>


</div>


</div>


</div>


</div>


</body>


</html>