<div dir="ltr">I so want to say it is a super power.. <div><br><div>but the truth is: </div><div><br></div><div>1. try opening your file running debug mode</div><div>2. in the guts of the read.genepop function, pull the temporary object storing genotypes</div><div>3. use table(nchar(x)) to see the distribution of the number of characters in all entries</div><div>4. found two rogue entries with 8 characters, identified them</div></div><div>5. then opened your file and looked for '00000000'</div><div><br></div><div>A similar question would be: how did the rogue entry get there in the first place? </div><div><br></div><div>;) </div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div><div><br>--<br>Dr Thibaut Jombart</div><div style="font-size:small">Lecturer, Department of Infectious Disease Epidemiology, Imperial College London</div></div><div><span style="font-size:12.8px">Head of RECON: </span><span style="font-size:12.8px"><a href="http://repidemicsconsortium.org" target="_blank">repidemicsconsortium.org</a></span><br></div></div><div><a href="http://sites.google.com/site/thibautjombart/" style="font-size:12.8px" target="_blank">sites.google.com/site/thibautjombart/</a><br></div><div><a href="http://github.com/thibautjombart" target="_blank">github.com/thibautjombart</a></div>Twitter: <a href="http://twitter.com/TeebzR" target="_blank">@TeebzR</a><br></div><div dir="ltr">+44(0)20 7594 3658</div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On 24 April 2017 at 17:29, Robert Fairweather <span dir="ltr"><<a href="mailto:rb951092@dal.ca" target="_blank">rb951092@dal.ca</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div id="m_-4691517086087367732divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif" dir="ltr">
<div id="m_-4691517086087367732divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif" dir="ltr">
<p>Hi Thibaut,</p>
<p>Many thanks finding this, you are right, the file now reads fie. But how did you find the two rogue values? The only way I could think would be to scan the file by eye.</p>
<p>Best,</p>
<p>Robert</p>
</div>
<hr style="display:inline-block;width:98%">
<div id="m_-4691517086087367732divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt" color="#000000"><b>From:</b> Thibaut Jombart <<a href="mailto:thibautjombart@gmail.com" target="_blank">thibautjombart@gmail.com</a>><br>
<b>Sent:</b> 24 April 2017 12:06:11<br>
<b>To:</b> Robert Fairweather<br>
<b>Cc:</b> <a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">adegenet-forum@lists.r-forge.<wbr>r-project.org</a><br>
<b>Subject:</b> Re: [adegenet-forum] Reading a genepop file with adegenet</font>
<div> </div>
</div>
<div><span class="">
<div dir="ltr">Hello, 
<div><br>
</div>
<div>upon inspection, I think your file is corrupt - there are two rogue '00000000' (8 times 0). After replacing these and specifying ncode = 3 it reads fine.</div>
<div><br>
</div>
<div>Best</div>
<div>Thibaut</div>
</div>
</span><div class="gmail_extra"><br clear="all">
<div>
<div class="m_-4691517086087367732gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div><span class="">
<div>
<div><br>
--<br>
Dr Thibaut Jombart</div>
<div style="font-size:small">Lecturer, Department of Infectious Disease Epidemiology, Imperial College London</div>
</div>
</span><div><span style="font-size:12.8px">Head of RECON: </span><span style="font-size:12.8px"><a href="http://repidemicsconsortium.org" id="m_-4691517086087367732LPlnk832105" target="_blank">repidemicsconsortium.<wbr>org</a></span>
<div id="m_-4691517086087367732LPBorder_GT_14930513336630.254998229538695" style="margin-bottom:20px;overflow:auto;width:100%;text-indent:0px">
<table id="m_-4691517086087367732LPContainer_14930513336420.3623146887359574" cellspacing="0" style="width:90%;background-color:rgb(255,255,255);overflow:auto;padding-top:20px;padding-bottom:20px;margin-top:20px;border-top:1px dotted rgb(200,200,200);border-bottom:1px dotted rgb(200,200,200)">
<tbody>
<tr valign="top" style="border-spacing:0px">
<td id="m_-4691517086087367732TextCell_14930513336560.9415718337697536" colspan="2" style="vertical-align:top;padding:0px;display:table-cell">
<div id="m_-4691517086087367732LPRemovePreviewContainer_14930513336570.10122423741286424"></div>
<div id="m_-4691517086087367732LPExpandDescriptionContainer_14930513336570.4109779288452493"></div>
<div id="m_-4691517086087367732LPTitle_14930513336570.8920408150963106" style="color:rgb(0,120,215);font-weight:normal;font-size:21px;font-family:wf_segoe-ui_light,"Segoe UI Light","Segoe WP Light","Segoe UI","Segoe WP",Tahoma,Arial,sans-serif;line-height:21px">
<a id="m_-4691517086087367732LPUrlAnchor_14930513336580.32282423624149903" href="http://repidemicsconsortium.org/" style="text-decoration:none" target="_blank">R Epidemics Consortium</a></div>
<div id="m_-4691517086087367732LPMetadata_14930513336580.8857738352184819" style="margin:10px 0px 16px;color:rgb(102,102,102);font-weight:normal;font-family:wf_segoe-ui_normal,"Segoe UI","Segoe WP",Tahoma,Arial,sans-serif;font-size:14px;line-height:14px">
<a href="http://repidemicsconsortium.org" target="_blank">repidemicsconsortium.org</a></div>
<div id="m_-4691517086087367732LPDescription_14930513336590.95694475230787" style="display:block;color:rgb(102,102,102);font-weight:normal;font-family:wf_segoe-ui_normal,"Segoe UI","Segoe WP",Tahoma,Arial,sans-serif;font-size:14px;line-height:20px;max-height:100px;overflow:hidden">
The R Epidemics Consortium (RECON) assembles a group of international experts in infectious disease modelling, Public Health, and software development to create the ...</div>
</td>
</tr>
</tbody>
</table>
</div>
<br>
<br>
</div>
</div>
<div><a href="http://sites.google.com/site/thibautjombart/" style="font-size:12.8px" id="m_-4691517086087367732LPlnk402907" target="_blank">sites.google.com/site/<wbr>thibautjombart/</a>
<div id="m_-4691517086087367732LPBorder_GT_14930513346020.05326995637248877" style="margin-bottom:20px;overflow:auto;width:100%;text-indent:0px">
<table id="m_-4691517086087367732LPContainer_14930513346000.8889443197885079" cellspacing="0" style="width:90%;background-color:rgb(255,255,255);overflow:auto;padding-top:20px;padding-bottom:20px;margin-top:20px;border-top:1px dotted rgb(200,200,200);border-bottom:1px dotted rgb(200,200,200)">
<tbody>
<tr valign="top" style="border-spacing:0px">
<td id="m_-4691517086087367732ImageCell_14930513346000.391140610860659" colspan="1" style="width:250px;display:table-cell;padding-right:20px">
<div id="m_-4691517086087367732LPImageContainer_14930513346000.6304471041818771" style="background-color:rgb(255,255,255);height:250px;margin:auto;display:table;width:236px">
<a id="m_-4691517086087367732LPImageAnchor_14930513346010.4456719229611563" href="http://sites.google.com/site/thibautjombart/" style="display:table-cell;text-align:center" target="_blank"><img id="m_-4691517086087367732LPThumbnailImageID_14930513346010.6147213991618614" width="236" height="250" style="display:inline-block;max-width:250px;max-height:250px;height:250px;width:236px;border-width:0px;vertical-align:bottom" src="https://sites.google.com/site/thibautjombart/_/rsrc/1386231344491/home/moi2.jpg?height=320&width=302"></a></div>
</td>
<td id="m_-4691517086087367732TextCell_14930513346010.14555869788648002" colspan="2" style="vertical-align:top;padding:0px;display:table-cell">
<div id="m_-4691517086087367732LPRemovePreviewContainer_14930513346010.44024787612156446"></div>
<div id="m_-4691517086087367732LPExpandDescriptionContainer_14930513346010.9536845941035512"></div>
<div id="m_-4691517086087367732LPTitle_14930513346010.5452955997804918" style="color:rgb(0,120,215);font-weight:normal;font-size:21px;font-family:wf_segoe-ui_light,"Segoe UI Light","Segoe WP Light","Segoe UI","Segoe WP",Tahoma,Arial,sans-serif;line-height:21px">
<a id="m_-4691517086087367732LPUrlAnchor_14930513346010.7697277887857543" href="http://sites.google.com/site/thibautjombart/" style="text-decoration:none" target="_blank">Thibaut Jombart's webpage - Google Sites</a></div>
<div id="m_-4691517086087367732LPMetadata_14930513346010.34977899296625004" style="margin:10px 0px 16px;color:rgb(102,102,102);font-weight:normal;font-family:wf_segoe-ui_normal,"Segoe UI","Segoe WP",Tahoma,Arial,sans-serif;font-size:14px;line-height:14px">
<a href="http://sites.google.com" target="_blank">sites.google.com</a></div>
<div id="m_-4691517086087367732LPDescription_14930513346020.06954663783709325" style="display:block;color:rgb(102,102,102);font-weight:normal;font-family:wf_segoe-ui_normal,"Segoe UI","Segoe WP",Tahoma,Arial,sans-serif;font-size:14px;line-height:20px;max-height:100px;overflow:hidden">
Dr Thibaut Jombart MRC Centre for Outbreak Analysis and Modelling Department of Infectious Disease Epidemiology Imperial College St Mary’s Campus</div>
</td>
</tr>
</tbody>
</table>
</div>
<br>
<br>
</div>
<div><a href="http://github.com/thibautjombart" id="m_-4691517086087367732LPlnk433487" target="_blank">github.com/thibautjombart</a></div>
Twitter: <a href="http://twitter.com/TeebzR" target="_blank">@TeebzR</a><br>
</div>
<div dir="ltr"><a href="tel:+44%2020%207594%203658" value="+442075943658" target="_blank">+44(0)20 7594 3658</a></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div><span class="">
<br>
<div class="gmail_quote">On 24 April 2017 at 15:32, Robert Fairweather <span dir="ltr">
<<a href="mailto:rb951092@dal.ca" target="_blank">rb951092@dal.ca</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr">
<div id="m_-4691517086087367732m_6732920202874895536divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif" dir="ltr">
<p></p>
<div>Dear Forum,</div>
<div><span style="font-size:12pt">I am having some trouble importing my genepop file into adegenet using the read.genepop function. I have set the ncode argument to 3 to reflect the the character format of my SNP data (eg 001003) but still receive the error
 "some alleles are not encoded for by three characters"</span></div>
<div>The error persists even with the default ncode parameter and a two character format used. Missing data is coded for as 000000 (or 0000 in 2 character format) and upon comparison with the nancycats file I cannot see any differences. Are you able to help
 me out? I have attached the file. </div>
<div>Many thanks,</div>
<div>Robert</div>
<br>
<p></p>
</div>
</div>
<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
adegenet-forum mailing list<br>
<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">adegenet-forum@lists.r-forge.r<wbr>-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-projec<wbr>t.org/cgi-bin/mailman/listinfo<wbr>/adegenet-forum</a><br>
</blockquote>
</div>
<br>
</span></div>
</div>
</div>
</div>

</blockquote></div><br></div>