<div dir="ltr">Hello, <div><br></div><div>upon inspection, I think your file is corrupt - there are two rogue '00000000' (8 times 0). After replacing these and specifying ncode = 3 it reads fine.</div><div><br></div><div>Best</div><div>Thibaut</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div><div><br>--<br>Dr Thibaut Jombart</div><div style="font-size:small">Lecturer, Department of Infectious Disease Epidemiology, Imperial College London</div></div><div><span style="font-size:12.8px">Head of RECON: </span><span style="font-size:12.8px"><a href="http://repidemicsconsortium.org" target="_blank">repidemicsconsortium.org</a></span><br></div></div><div><a href="http://sites.google.com/site/thibautjombart/" style="font-size:12.8px" target="_blank">sites.google.com/site/thibautjombart/</a><br></div><div><a href="http://github.com/thibautjombart" target="_blank">github.com/thibautjombart</a></div>Twitter: <a href="http://twitter.com/TeebzR" target="_blank">@TeebzR</a><br></div><div dir="ltr">+44(0)20 7594 3658</div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On 24 April 2017 at 15:32, Robert Fairweather <span dir="ltr"><<a href="mailto:rb951092@dal.ca" target="_blank">rb951092@dal.ca</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div id="m_6732920202874895536divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif" dir="ltr">
<p></p>
<div>Dear Forum,</div>
<div><span style="font-size:12pt">I am having some trouble importing my genepop file into adegenet using the read.genepop function. I have set the ncode argument to 3 to reflect the the character format of my SNP data (eg 001003) but still receive the error
 "some alleles are not encoded for by three characters"</span></div>
<div>The error persists even with the default ncode parameter and a two character format used. Missing data is coded for as 000000 (or 0000 in 2 character format) and upon comparison with the nancycats file I cannot see any differences. Are you able to help
 me out? I have attached the file. </div>
<div>Many thanks,</div>
<div>Robert</div>
<br>
<p></p>
</div>
</div>

<br>______________________________<wbr>_________________<br>
adegenet-forum mailing list<br>
<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum@lists.r-forge.<wbr>r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-<wbr>project.org/cgi-bin/mailman/<wbr>listinfo/adegenet-forum</a><br></blockquote></div><br></div>