<div dir="ltr">No probs!<div><br></div><div>Cheers</div><div><br></div><div>Thibaut</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div><div><br>--<br>Dr Thibaut Jombart</div><div style="font-size:small">Lecturer, Department of Infectious Disease Epidemiology, Imperial College London</div></div><div><span style="font-size:12.8px">Head of RECON: </span><span style="font-size:12.8px"><a href="http://repidemicsconsortium.org" target="_blank">repidemicsconsortium.org</a></span><br></div></div><div><a href="http://sites.google.com/site/thibautjombart/" style="font-size:12.8px" target="_blank">sites.google.com/site/thibautjombart/</a><br></div><div><a href="http://github.com/thibautjombart" target="_blank">github.com/thibautjombart</a></div>Twitter: <a href="http://twitter.com/TeebzR" target="_blank">@TeebzR</a><br></div><div dir="ltr">+44(0)20 7594 3658</div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On 10 April 2017 at 13:29, Thomas HAINAUX <span dir="ltr"><<a href="mailto:thomas.hainaux@unamur.be" target="_blank">thomas.hainaux@unamur.be</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"> Hi,<br>
<br>
you are right, there is no reason to keep this value.<br>
Sorry for this silly question, i was troubled by the warning messages.<br>
<br>
<br>
Thank you for your help.<br>
<br>
Best regards<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888">Thomas<br>
</font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
Le Lundi 3 Avril 2017 10:37 CEST, Thibaut Jombart <<a href="mailto:thibautjombart@gmail.com">thibautjombart@gmail.com</a>> a écrit:<br>
<br>
> Hi there,<br>
><br>
> this is the expected behaviour when loci are non-polymorphic. Why<br>
> would you like to keep them? Especially in the context of a PCA, where<br>
> it will creates variables with a variances of zero, and therefore Inf<br>
> values when scaling?<br>
><br>
> Cheers<br>
> Thibaut<br>
><br>
> --<br>
> Dr Thibaut Jombart<br>
> Lecturer, Department of Infectious Disease Epidemiology, Imperial College London<br>
> Head of RECON: <a href="http://repidemicsconsortium.org" rel="noreferrer" target="_blank">repidemicsconsortium.org</a><br>
> <a href="http://sites.google.com/site/thibautjombart/" rel="noreferrer" target="_blank">sites.google.com/site/<wbr>thibautjombart/</a><br>
> <a href="http://github.com/thibautjombart" rel="noreferrer" target="_blank">github.com/thibautjombart</a><br>
> Twitter: @TeebzR<br>
> <a href="tel:%2B44%280%2920%207594%203658" value="+442075943658">+44(0)20 7594 3658</a><br>
><br>
><br>
> On 3 April 2017 at 09:21, Roman Luštrik <<a href="mailto:roman.lustrik@biolitika.si">roman.lustrik@biolitika.si</a>> wrote:<br>
> > Can you post a small, reproducible example (<a href="http://stackoverflow.com/questions/5963269/how-to-make-a-great-r-reproducible-example" rel="noreferrer" target="_blank">http://stackoverflow.com/<wbr>questions/5963269/how-to-make-<wbr>a-great-r-reproducible-example</a><wbr>) which we can look at?<br>
> ><br>
> > Cheers,<br>
> > Roman<br>
> ><br>
> > ----<br>
> > In god we trust, all others bring data.<br>
> ><br>
> > ----- Original Message -----<br>
> > From: "Thomas HAINAUX" <<a href="mailto:thomas.hainaux@unamur.be">thomas.hainaux@unamur.be</a>><br>
> > To: "Roman Luštrik" <<a href="mailto:roman.lustrik@biolitika.si">roman.lustrik@biolitika.si</a>><br>
> > Cc: <a href="mailto:adegenet-forum@r-forge.wu-wien.ac.at">adegenet-forum@r-forge.wu-<wbr>wien.ac.at</a><br>
> > Sent: Monday, April 3, 2017 10:16:23 AM<br>
> > Subject: Re: [adegenet-forum] Warning message when  performing PCA analysis using adegenet package<br>
> ><br>
> > Not really, but i removed the spaces and it didn't change anything.<br>
> ><br>
> > Le Lundi 3 Avril 2017 09:57 CEST, Roman Luštrik <<a href="mailto:roman.lustrik@biolitika.si">roman.lustrik@biolitika.si</a>> a écrit:<br>
> ><br>
> >> Are the spaces around NA (NA.char = " NA ") intended?<br>
> >><br>
> >> Cheers,<br>
> >> Roman<br>
> >><br>
> >> ----<br>
> >> In god we trust, all others bring data.<br>
> >><br>
> >> ----- Original Message -----<br>
> >> From: "Thomas HAINAUX" <<a href="mailto:thomas.hainaux@unamur.be">thomas.hainaux@unamur.be</a>><br>
> >> To: <a href="mailto:adegenet-forum@r-forge.wu-wien.ac.at">adegenet-forum@r-forge.wu-<wbr>wien.ac.at</a><br>
> >> Sent: Monday, April 3, 2017 9:47:38 AM<br>
> >> Subject: [adegenet-forum] Warning message when performing PCA analysis using  adegenet package<br>
> >><br>
> >> Hi,<br>
> >><br>
> >> I was performing an PCA analysis on a data set containing  4709 SNPs in<br>
> >> 144 individuals but I encountered some warning messages that i didn't understood.<br>
> >> I followed the instructions from the tutorial "An introduction to adegenet 2.0.0" (July 29, 2015).<br>
> >><br>
> >><br>
> >> 1) I opened my data and converted it to an genind  object and i got this warning message:<br>
> >><br>
> >> > datacsv = read.csv2("170329_solcap_<wbr>select_20_98_grouped_by_k3.csv ", header=TRUE)<br>
> >> > datagenind = df2genind(datacsv[,2:4709], sep= " | ", NA.char=  " NA ")<br>
> >> Warning message:<br>
> >> In df2genind(datacsv[, 2:4709], sep = " | ", NA.char = " NA ") :<br>
> >>   entirely non-type marker(s) deleted<br>
> >><br>
> >> 2) Then I wanted to run the scalegen function and i got a second warning message.<br>
> >> > datasc = scaleGen(datagenind[,2:4709], NA.method= "mean")<br>
> >> Warning message:<br>
> >> In .local(x, ...) : Some scaling values are null.<br>
> >>  Corresponding alleles are removed.<br>
> >><br>
> >> After running the scalegen function, the number of loci went from 4709 to 3694.<br>
> >> Why these loci are being removed? Is it possible to keep these value?<br>
> >><br>
> >><br>
> >> Thank you very much beforehand for your help and your time.<br>
> >> I apologise if my questions might be trivial for you, I just started using R recently and i'm not an expert yet.<br>
> >><br>
> >><br>
> >> Best regards<br>
> >> Thomas Hainaux - Researcher<br>
> >> URBV - Plant Biotechnology<br>
> >> Namur University<br>
> >> Rue de Bruxelles 61 - 5000 Namur<br>
> >> Belgique<br>
> >><br>
> >><br>
> >> ______________________________<wbr>_________________<br>
> >> adegenet-forum mailing list<br>
> >> <a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum@lists.r-forge.<wbr>r-project.org</a><br>
> >> <a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-<wbr>project.org/cgi-bin/mailman/<wbr>listinfo/adegenet-forum</a><br>
> > ______________________________<wbr>_________________<br>
> > adegenet-forum mailing list<br>
> > <a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum@lists.r-forge.<wbr>r-project.org</a><br>
> > <a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-<wbr>project.org/cgi-bin/mailman/<wbr>listinfo/adegenet-forum</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>