<div dir="ltr">As a side note, Felipe, please avoid posting the same msg to several mailing lists at the same time, as it makes tracking answers much more difficult.<div><br></div><div>Best</div><div><br></div><div>Thibaut</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div><div><br>--<br>Dr Thibaut Jombart</div><div style="font-size:small">Lecturer, Department of Infectious Disease Epidemiology, Imperial College London</div></div><div><span style="font-size:12.8px">Head of RECON: </span><span style="font-size:12.8px"><a href="http://repidemicsconsortium.org" target="_blank">repidemicsconsortium.org</a></span><br></div></div><div><a href="http://sites.google.com/site/thibautjombart/" style="font-size:12.8px" target="_blank">sites.google.com/site/thibautjombart/</a><br></div><div><a href="http://github.com/thibautjombart" target="_blank">github.com/thibautjombart</a></div>Twitter: <a href="http://twitter.com/TeebzR" target="_blank">@TeebzR</a><br></div><div dir="ltr">+44(0)20 7594 3658</div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On 3 March 2017 at 10:21, Roman Luštrik <span dir="ltr"><<a href="mailto:roman.lustrik@biolitika.si" target="_blank">roman.lustrik@biolitika.si</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;font-size:12pt;color:#000000"><div>Perhaps something like this?</div><div style="padding-left:30px"><br></div><div style="padding-left:30px"><span style="font-family:"courier new",courier,monaco,monospace,sans-serif">library(adegenet)</span><br><span style="font-family:"courier new",courier,monaco,monospace,sans-serif">library(pegas)</span><br><br><span style="font-family:"courier new",courier,monaco,monospace,sans-serif">data(nancycats)</span><br><br><span style="font-family:"courier new",courier,monaco,monospace,sans-serif">lvls <- levels(pop(nancycats))</span><br><span style="font-family:"courier new",courier,monaco,monospace,sans-serif">out <- vector("list", length(lvls)) # prepare list for output</span><br><span style="font-family:"courier new",courier,monaco,monospace,sans-serif">names(out) <- lvls</span><br><br><span style="font-family:"courier new",courier,monaco,monospace,sans-serif">for (i in lvls) {</span><br><span style="font-family:"courier new",courier,monaco,monospace,sans-serif">  out[[i]] <- hw.test(nancycats[pop(<wbr>nancycats) == i])</span><br><span style="font-family:"courier new",courier,monaco,monospace,sans-serif">}</span><br></div><div><br></div><div>Cheers,</div><div>Roman</div><div><br></div><div>----<br>In god we trust, all others bring data.</div><br><hr id="m_673792156090577557zwchr"><div><b>From: </b>"Felipe Hernández" <<a href="mailto:fhernandeu@uc.cl" target="_blank">fhernandeu@uc.cl</a>><br><b>To: </b><a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">adegenet-forum@lists.r-forge.<wbr>r-project.org</a><br><b>Sent: </b>Thursday, March 2, 2017 6:04:42 PM<br><b>Subject: </b>[adegenet-forum] HWE calculation<br></div><br><div><div><div class="h5"><div dir="ltr"><div><span style="font-size:13px">Hi everyone, </span><div style="font-size:13px"><br></div><div style="font-size:13px">I have used the adegenet/pegas packages to estimate HWE using a genind object. I got the results from chi-squared and exact test based on Monte Carlo for my whole set of loci (52 loci) across all my 29 populations. I wonder if there is any option to calculate HWE and get exact test Monte Carlo results, but for each population separately. Sorry if the question is so basic, but I would appreciate any helpful advice!</div></div><div style="font-size:13px"><br></div><div style="font-size:13px">Best,</div><div style="font-size:13px">Felipe</div><div style="font-size:13px"><br></div>-- <br><div class="m_673792156090577557gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Felipe Hernández<div>Médico Veterinario (DVM), MSc.<div>PhD. Candidate<div>Interdisciplinary Ecology Program</div><div>School of Natural Resources and Environment</div><div>Wildlife Ecology and Conservation Department</div><div>University of Florida</div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>
<br></div></div>______________________________<wbr>_________________<br>adegenet-forum mailing list<br><a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">adegenet-forum@lists.r-forge.<wbr>r-project.org</a><br><a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" target="_blank">https://lists.r-forge.r-<wbr>project.org/cgi-bin/mailman/<wbr>listinfo/adegenet-forum</a><br></div></div></div><br>______________________________<wbr>_________________<br>
adegenet-forum mailing list<br>
<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum@lists.r-forge.<wbr>r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-<wbr>project.org/cgi-bin/mailman/<wbr>listinfo/adegenet-forum</a><br></blockquote></div><br></div>