<div dir="ltr"><div style="font-size:12.8px">Hello all, </div><div style="font-size:12.8px">I recently finished running fstat on my dataset of about 50 000 snps / 56 individuals, and successfully got f-statistics in return. However, when I tried to run gstat.randtest to see if the structure was significant:</div><div style="font-size:12.8px"><p class="gmail-m_-6642637731580746140gmail-p1"><span class="gmail-m_-6642637731580746140gmail-s1"><font face="monospace, monospace">fstat.sig <-gstat.randtest(nr2014, nsim=1000)</font></span></p></div><div style="font-size:12.8px">...I got 50+ warnings like this:</div><div style="font-size:12.8px"><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div style="font-size:12.8px"><font face="monospace, monospace">50: In max(y, na.rm = TRUE) : no non-missing arguments to max; returning -Inf</font><br></div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">and my results file looked like this:</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px"><p class="gmail-m_-6642637731580746140gmail-p1"><span class="gmail-m_-6642637731580746140gmail-s1"><font face="monospace, monospace">> fstat.sig                                    </font></span></p><p class="gmail-m_-6642637731580746140gmail-p1"><span class="gmail-m_-6642637731580746140gmail-s1"><font face="monospace, monospace">Monte-Carlo test</font></span></p><p class="gmail-m_-6642637731580746140gmail-p1"><span class="gmail-m_-6642637731580746140gmail-s1"><font face="monospace, monospace">Call: gstat.randtest(x = nr2014, nsim = 1000)</font></span></p><p class="gmail-m_-6642637731580746140gmail-p1"><span class="gmail-m_-6642637731580746140gmail-s1"><font face="monospace, monospace">Observation: 0 </font></span></p><p class="gmail-m_-6642637731580746140gmail-p1"><span class="gmail-m_-6642637731580746140gmail-s1"><font face="monospace, monospace">Based on 1000 replicates</font></span></p><p class="gmail-m_-6642637731580746140gmail-p1"><span class="gmail-m_-6642637731580746140gmail-s1"><font face="monospace, monospace">Simulated p-value: 1 </font></span></p><p class="gmail-m_-6642637731580746140gmail-p1"><span class="gmail-m_-6642637731580746140gmail-s1"><br></span></p><p class="gmail-m_-6642637731580746140gmail-p1"><span class="gmail-m_-6642637731580746140gmail-s1">which leads me to suspect that it did not work. Does this have something to do with the missing data in my dataset? Sorry if this is a naive question, I am an R novice. </span></p><p class="gmail-m_-6642637731580746140gmail-p1"><span class="gmail-m_-6642637731580746140gmail-s1">Thanks for your time and the awesome package, I've been using it a lot! </span></p><p class="gmail-m_-6642637731580746140gmail-p1"><span class="gmail-m_-6642637731580746140gmail-s1">Sincerely, </span></p></div><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><span style="font-size:12.8px">Melanie</span></div></div></div>
</div>