<div dir="ltr"><div>Good morning,<br><div style="font-size:13px"><br></div><div style="font-size:13px">I wonder if you may guide me with this question (that may be pretty basic surely). After a run DaPC analysis using adegenet, I'm usually getting K between 4 and 5 for my dataset (480 hogs, 59 microsats, 39 sampling sites). Maximum number of clusters tried are 40. Afterwards, I tried to estimate number of clusters (spatial clustering by individuals) using another software (BAPS 6.0), but I got an even higher number of estimated cluster (K=17), after testing different maximum number of K's (i.e., K=5 through K=20). Any clue about what's the reason of this? Maybe related to the maximum number of cluster tested? Or, linkage disequilibrium between some loci? Sorry if the question is really basic, but I would appreciate any advice.</div><div style="font-size:13px"><br></div><div style="font-size:13px">Regards,</div><div style="font-size:13px">Felipe </div></div><div style="font-size:13px"><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Felipe Hernández<div>Médico Veterinario (DVM), MSc.<div>PhD. Candidate<div>Interdisciplinary Ecology Program</div><div>School of Natural Resources and Environment</div><div>Wildlife Ecology and Conservation Department</div><div>University of Florida</div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>