
<html><body><div style="font-family: trebuchet ms,sans-serif; font-size: 12pt; color: #000000"><div>Hi,</div><div><br data-mce-bogus="1"></div><div>can you share a (subset) of the dataset? It's hard to pinpoint where things might be going wrong without some data in hand.</div><div><br data-mce-bogus="1"></div><div>Cheers,</div><div>Roman</div><div><br></div><div data-marker="__SIG_PRE__">----<br>In god we trust, all others bring data.</div><br><hr id="zwchr" data-marker="__DIVIDER__"><div data-marker="__HEADERS__"><b>From: </b>"Biz Sheedy" <biz.sheedy@gmail.com><br><b>To: </b>adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org<br><b>Sent: </b>Friday, November 25, 2016 10:44:16 AM<br><b>Subject: </b>[adegenet-forum] Discrepancy in NA counts<br></div><br><div data-marker="__QUOTED_TEXT__"><div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Dear All,<br><br></div>I am trying to read SNP data from Stacks into adegenet. I have tried read.structure and read.genepop but they both give (the same) NA counts that are higher than expected. Using read.table on the structure-formatted file (with "ind" and "pop" inserted into the first two columns of row one) gave the expected number of missing data. <br><br>I looked at a single population subset (both the original and the converted data) in excel and found a locus where in the original data, all nine individuals were "3", but in the converted data one individual was "NA". The loci before and after this one both matched/were correct.<br><br>I am not sure what I have missed for this to happen, my R skills are beginner at best. Any help with reading the data in correctly would be greatly appreciated!<br></div><div><br>Thank you,<br></div><div>Elizabeth<br></div><div><br><br></div>R version 3.3.2<br>adegenet version 2.0.1<br><br></div><div>Data: 44 individuals, diploid, 4279 loci.<br></div><br>all<-read.structure("all_batch_1.stru", NA.char="0")<br><br>Total cells in excel: 376552<br></div><div>After read.structure/genepop: 44*8558=376552<br></div><br><div>0s in excel: 3952<br></div><div>0s after read.table; length(which(X==0)): 3952<br></div><div>NA after read.structure/genepop; sum(<a href="http://is.na" target="_blank">is.na</a>(all$tab)): 4008<br></div><div>Difference: 56<br></div><br><div>Subset Chichi<br></div><div>Total cells: 77022<br></div><div>After read.structure/genepop: 9*8558=77022<br></div><br><div>0s in excel: 742<br></div>NA after read.structure/genepop; sum(<a href="http://is.na" target="_blank">is.na</a>(chi$tab)): 756<br></div>Difference: 14<br><div><div><div><span style="color: #009900; font-weight: bold;" data-mce-style="color: #009900; font-weight: bold;"></span><br><br><br><span style="color: #009900; font-weight: bold;" data-mce-style="color: #009900; font-weight: bold;"></span><div><div><div><div><div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>4-1-1 Amakubo<br></div><div>Department of Botany<br></div><div>National Museum of Nature and Science<br></div><div>Tsukuba, Ibaraki 305-0005<br></div><div>Japan<br><br></div><div><a href="mailto:biz.sheedy@gmail.com" target="_blank">biz.sheedy@gmail.com</a><br></div></div></div>

</div></div></div></div></div></div></div></div></div>

<br>_______________________________________________<br>adegenet-forum mailing list<br>adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org<br>https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum<br></div></div></body></html>