<div dir="ltr">Dear Thimbaut and adegenet users,<div>Thank you for your time and help.<br><div>I probably have some more naif questions about adegenet.<div>I am attemping a PCA analysis on my SNP dataset with the following arguements:</div><div><br></div><div><div>test <- read.structure("batch_1.str",n.ind = 17, n.loc =  12451, col.lab = 1, col.pop = 2, row.marknames = 1, NA.char = "0")</div></div><div><br></div><div>test2 <- scaleGen(test, NA.method = "mean")</div><div><br></div><div>After this, the R shows:</div><div><br></div><div><div>Warning message:</div><div>In .local(x, ...) : Some scaling values are null.</div><div> Corresponding alleles are removed.</div></div><div><br></div><div>I checked pop(test), it returned as :</div><div><br></div><div><div> 1  3  5  7  9 11 13 15 17 19 21 23 25 27 29 31 33 </div><div>02 02 04 04 06 06 07 07 19 19 38 38 39 39 46 46 46 </div><div>Levels: 02 04 06 07 19 38 39 46</div></div><div><br></div><div>How to solve this problem?</div><div><br></div><div>thanks in advance</div></div></div><div><br></div><div>Best wishes,</div><div>Da</div></div>