<div dir="ltr">If you already have allele frequencies, you can use the DAPC directly on this data matrix. Otherwise, if you have allele counts data pooled by groups of individuals, you can use the genpop constructor to turn this matrix into a genpop object (see ?genpop).<div><br></div><div>Best</div><div>Thibaut</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div><div><br>--<br>Dr Thibaut Jombart<br>Lecturer, Department of Infectious Disease Epidemiology, <span style="font-size:12.8px">Imperial College London</span></div></div><div><span style="font-size:12.8px">Head of RECON: </span><span style="font-size:12.8px"><a href="http://repidemicsconsortium.org" target="_blank">repidemicsconsortium.org</a></span><br></div></div><div><a href="http://sites.google.com/site/thibautjombart/" style="font-size:12.8px" target="_blank">sites.google.com/site/thibautjombart/</a><br></div><div><a href="http://github.com/thibautjombart" target="_blank">github.com/thibautjombart</a></div>Twitter: <a href="http://twitter.com/TeebzR" target="_blank">@TeebzR</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On 25 October 2016 at 14:18, Bernadette Julier <span dir="ltr"><<a href="mailto:bernadette.julier@inra.fr" target="_blank">bernadette.julier@inra.fr</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">





<div lang="FR" link="blue" vlink="purple">
<div class="m_4624557958755706859WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hello,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I have used a genotyping method (GBS) on pools of heterozygous individuals so I get a frequency of alleles for each population and each marker, with several replications of the populations. In addition, I am working on
 an autotetraploid species.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I would like to use dapc procedure of adegenet package.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">How can I enter the data in a file with the genepop format ?<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Thanks<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Bernadette <u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">INRA Lusignan<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<table class="m_4624557958755706859MsoNormalTable" border="1" cellspacing="0" cellpadding="0" style="border-top:solid #999999 1.0pt;border-left:none;border-bottom:solid #999999 1.0pt;border-right:none">
<tbody>
<tr style="height:7.5pt">
<td style="border:none;padding:0cm 0cm 0cm 0cm;height:7.5pt"></td>
</tr>
</tbody>
</table>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
</div>

<br>______________________________<wbr>_________________<br>
adegenet-forum mailing list<br>
<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum@lists.r-forge.<wbr>r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-<wbr>project.org/cgi-bin/mailman/<wbr>listinfo/adegenet-forum</a><br></blockquote></div><br></div>