<div dir="ltr">Hi there, <div><br></div><div>If I understand well, your data are binary, so you could go directly for a matrix of binary data. Let 'dat' be your matrix of codes (0-4):</div><div><br></div><div>x <- 1 * dat>0</div><div>dapc1 <- dapc(x, ...) # make sure you pass a group here.</div><div><br></div><div>The genind class would only add an extra complexity here.</div><div><br></div><div>Best</div><div>Thibaut</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div><div><br>--<br>Dr Thibaut Jombart<br>Lecturer, Department of Infectious Disease Epidemiology, <span style="font-size:12.8px">Imperial College London</span></div></div><div><span style="font-size:12.8px">Head of RECON: </span><span style="font-size:12.8px"><a href="http://repidemicsconsortium.org" target="_blank">repidemicsconsortium.org</a></span><br></div></div><div><a href="http://sites.google.com/site/thibautjombart/" style="font-size:12.8px" target="_blank">sites.google.com/site/thibautjombart/</a><br></div><div><a href="http://github.com/thibautjombart" target="_blank">github.com/thibautjombart</a></div>Twitter: <a href="http://twitter.com/TeebzR" target="_blank">@TeebzR</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On 25 October 2016 at 14:10, Bernadette Julier <span dir="ltr"><<a href="mailto:bernadette.julier@inra.fr" target="_blank">bernadette.julier@inra.fr</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">





<div lang="FR" link="blue" vlink="purple">
<div class="m_4482211942767907499WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hello,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I have SNP data on an autotetraploid species. They have been coded as dominant markers but with the dose. It means that for each SNP in each individual, I have:<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">0: absence<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">1: presence in 1 dose<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">2: presence in 1 dose<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">3: presence in 1 dose<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">4: presence in 1 dose<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Is it correct if I write:<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">df2genind(file[,-c(1)], ploidy=4, sep="", type="PA", pop=X$pop)<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Can dapc procedure be used on this dataset ? I could transform the dataset into 0 and 1 (presence in any dose) but it would be a loss of information.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Thanks for any advice<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Bernadette<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">INRA Lusignan, France<u></u><u></u></span></p>
<table class="m_4482211942767907499MsoNormalTable" border="1" cellspacing="0" cellpadding="0" style="border-top:solid #999999 1.0pt;border-left:none;border-bottom:solid #999999 1.0pt;border-right:none">
<tbody>
<tr style="height:7.5pt">
<td style="border:none;padding:0cm 0cm 0cm 0cm;height:7.5pt"></td>
</tr>
</tbody>
</table>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
</div>

<br>______________________________<wbr>_________________<br>
adegenet-forum mailing list<br>
<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum@lists.r-forge.<wbr>r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-<wbr>project.org/cgi-bin/mailman/<wbr>listinfo/adegenet-forum</a><br></blockquote></div><br></div>