<div dir="ltr">Dear Maile, <div><br></div><div>can you file an issue on github about this? The fix should be quick to make.</div><div><a href="https://github.com/thibautjombart/adegenet/issues">https://github.com/thibautjombart/adegenet/issues<br></a></div><div><br></div><div>Best</div><div>Thibaut</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div><div><br>--<br>Dr Thibaut Jombart<br>Lecturer, Department of Infectious Disease Epidemiology, <span style="font-size:12.8px">Imperial College London</span></div></div><div><span style="font-size:12.8px">Head of RECON: </span><span style="font-size:12.8px"><a href="http://repidemicsconsortium.org" target="_blank">repidemicsconsortium.org</a></span><br></div></div><div><a href="http://sites.google.com/site/thibautjombart/" style="font-size:12.8px" target="_blank">sites.google.com/site/thibautjombart/</a><br></div><div><a href="http://github.com/thibautjombart" target="_blank">github.com/thibautjombart</a></div>Twitter: <a href="http://twitter.com/TeebzR" target="_blank">@TeebzR</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On 22 October 2016 at 19:29, Maile C Neel <span dir="ltr"><<a href="mailto:mneel@umd.edu" target="_blank">mneel@umd.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div class="m_4931654140127289587gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">I am having the same problem described in the link below in which duplicate locations are erroneously identified when I try to create a CN object using chooseCN in adegenet 2.0.1 to implement Monomonier's algorithm. <br></div></div></div></div></div><div class="gmail_quote"><div dir="ltr"><div><br></div><div><div><a href="http://lists.r-forge.r-project.org/pipermail/adegenet-forum/2011-October/000427.html" target="_blank">http://lists.r-forge.r-project<wbr>.org/pipermail/adegenet-forum/<wbr>2011-October/000427.html</a><br></div></div><div><br></div><div>I could not find how the previous thread was resolved despite extensive searching. Apologies if it was in the archives and I missed it.  <br></div><div><br></div><div>I call chooseCN using the following command for which my genind object holds genetic and spatial data for 374 unique genotypes at unique locations.  The minimum distance between nearest neighbors is 5 m. The (admittedly non-reproducible) code I use is</div><div><br></div><div><div>hudnet <- chooseCN(hudson_noreps.ind$oth<wbr>er$latlong, ask=FALSE, type=1)<br></div></div><div><br></div><div>Although all my locations are in fact unique, checking my data with tableXY and sunflowerplot as suggested in the old thread show me that many unique locations are being pooled due to rounding.  Even with jittering with default settings (which I don't really want to do) duplicates remain. I do not want to delete the close individuals because they contribute to the local estimates of genetic diversity.</div><div><br></div><div>The thread indicates it is possible to alter the function chooseCN to force it to pass the proper argument to tableXY.  The minimum distances appear to be adjusted in lines 91 & 92 in the code for<a href="https://github.com/cran/adegenet/blob/master/R/chooseCN.R" target="_blank"> the chooseCN function at GitHub</a>:</div><div><br></div><div><span class="m_4931654140127289587gmail-m_913015563742487014gmail-pl-smi" style="box-sizing:border-box;color:rgb(51,51,51);font-family:consolas,"liberation mono",menlo,courier,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap">91 d2min</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:consolas,"liberation mono",menlo,courier,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap"> </span><span class="m_4931654140127289587gmail-m_913015563742487014gmail-pl-k" style="box-sizing:border-box;color:rgb(167,29,93);font-family:consolas,"liberation mono",menlo,courier,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap"><-</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:consolas,"liberation mono",menlo,courier,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap"> max(apply(</span><span class="m_4931654140127289587gmail-m_913015563742487014gmail-pl-smi" style="box-sizing:border-box;color:rgb(51,51,51);font-family:consolas,"liberation mono",menlo,courier,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap">tempmat</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:consolas,"liberation mono",menlo,courier,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap">, </span><span class="m_4931654140127289587gmail-m_913015563742487014gmail-pl-c1" style="box-sizing:border-box;color:rgb(0,134,179);font-family:consolas,"liberation mono",menlo,courier,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap">1</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:consolas,"liberation mono",menlo,courier,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap">, </span><span class="m_4931654140127289587gmail-m_913015563742487014gmail-pl-k" style="box-sizing:border-box;color:rgb(167,29,93);font-family:consolas,"liberation mono",menlo,courier,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap">function</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:consolas,"liberation mono",menlo,courier,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap">(</span><span class="m_4931654140127289587gmail-m_913015563742487014gmail-pl-smi" style="box-sizing:border-box;color:rgb(51,51,51);font-family:consolas,"liberation mono",menlo,courier,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap">r</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:consolas,"liberation mono",menlo,courier,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap">) min(</span><span class="m_4931654140127289587gmail-m_913015563742487014gmail-pl-smi" style="box-sizing:border-box;color:rgb(51,51,51);font-family:consolas,"liberation mono",menlo,courier,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap">r</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:consolas,"liberation mono",menlo,courier,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap">[</span><span class="m_4931654140127289587gmail-m_913015563742487014gmail-pl-smi" style="box-sizing:border-box;color:rgb(51,51,51);font-family:consolas,"liberation mono",menlo,courier,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap">r</span><span class="m_4931654140127289587gmail-m_913015563742487014gmail-pl-k" style="box-sizing:border-box;color:rgb(167,29,93);font-family:consolas,"liberation mono",menlo,courier,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap">></span><span class="m_4931654140127289587gmail-m_913015563742487014gmail-pl-c1" style="box-sizing:border-box;color:rgb(0,134,179);font-family:consolas,"liberation mono",menlo,courier,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap">1e-12</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:consolas,"liberation mono",menlo,courier,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap">])))</span></div><div><table class="m_4931654140127289587gmail-m_913015563742487014gmail-highlight m_4931654140127289587gmail-m_913015563742487014gmail-tab-size m_4931654140127289587gmail-m_913015563742487014gmail-js-file-line-container" style="box-sizing:border-box;border-collapse:collapse;color:rgb(51,51,51);font-family:-apple-system,blinkmacsystemfont,"segoe ui",helvetica,arial,sans-serif,"apple color emoji","segoe ui emoji","segoe ui symbol";font-size:14px"><tbody style="box-sizing:border-box"><tr style="box-sizing:border-box"><td id="m_4931654140127289587gmail-m_913015563742487014gmail-LC91" class="m_4931654140127289587gmail-m_913015563742487014gmail-blob-code m_4931654140127289587gmail-m_913015563742487014gmail-blob-code-inner m_4931654140127289587gmail-m_913015563742487014gmail-js-file-line" style="box-sizing:border-box;padding:0px 10px;line-height:20px;vertical-align:top;overflow:visible;font-family:consolas,"liberation mono",menlo,courier,monospace;font-size:12px;word-wrap:normal;white-space:pre-wrap"></td></tr></tbody></table></div><div><span class="m_4931654140127289587gmail-m_913015563742487014gmail-pl-smi" style="box-sizing:border-box;color:rgb(51,51,51);font-family:consolas,"liberation mono",menlo,courier,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap">92 d2min</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:consolas,"liberation mono",menlo,courier,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap"> </span><span class="m_4931654140127289587gmail-m_913015563742487014gmail-pl-k" style="box-sizing:border-box;color:rgb(167,29,93);font-family:consolas,"liberation mono",menlo,courier,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap"><-</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:consolas,"liberation mono",menlo,courier,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap"> </span><span class="m_4931654140127289587gmail-m_913015563742487014gmail-pl-smi" style="box-sizing:border-box;color:rgb(51,51,51);font-family:consolas,"liberation mono",menlo,courier,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap">d2min</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:consolas,"liberation mono",menlo,courier,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap"> </span><span class="m_4931654140127289587gmail-m_913015563742487014gmail-pl-k" style="box-sizing:border-box;color:rgb(167,29,93);font-family:consolas,"liberation mono",menlo,courier,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap">*</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:consolas,"liberation mono",menlo,courier,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap"> </span><span class="m_4931654140127289587gmail-m_913015563742487014gmail-pl-c1" style="box-sizing:border-box;color:rgb(0,134,179);font-family:consolas,"liberation mono",menlo,courier,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap">1.0001</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:consolas,"liberation mono",menlo,courier,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap"> </span><span class="m_4931654140127289587gmail-m_913015563742487014gmail-pl-c" style="box-sizing:border-box;color:rgb(150,152,150);font-family:consolas,"liberation mono",menlo,courier,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap"># to avoid exact number problem</span></div><div><br></div><div>Rounding to 1.0001 is collapsing samples that are 7-10 m apart given my latitude, which makes many of my samples ~5 m apart appear to be identical. Is there some way for me to modify this code in chooseCN to prevent the rounding of my spatial coordinates? I think it is not something I can modify on my own.  Are there other workarounds or solutions?  </div><div><br></div><div>I understand the problem with duplicate locations, but is there a minimum distance that is acceptable for the algorithms that based on connection networks? </div><div><br></div>Thanks in advance,<br clear="all"><div><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><br><font size="2">Maile Neel<br></font></div></div><div dir="ltr">Associate Professor; Director of the Norton-Brown Herbarium<font size="2"><br></font></div><div dir="ltr">University of Maryland</div><div dir="ltr"><font size="2">Department of Plant Science and Landscape Architecture &<br>Department of Entomology</font></div></div></div></div>
</div>
</div><br></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
adegenet-forum mailing list<br>
<a href="mailto:adegenet-forum@lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum@lists.r-forge.<wbr>r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/adegenet-forum" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-<wbr>project.org/cgi-bin/mailman/<wbr>listinfo/adegenet-forum</a><br></blockquote></div><br></div>